本記事は宅地建物取引業（宅建業・不動産会社・不動産業者・賃貸管理業）のM&A・事業譲渡・廃業・後継者問題に関する実務情報です。免許承継・専任取引士の確保・敷金処理・賃貸管理契約・株主名簿の整備等、不動産会社特有の論点は、個別事案により判断が異なります。具体的なご相談は、必ず弁護士・税理士・公認会計士等の専門家へご確認ください。
監修：株式会社 日本財務戦略センター（中小企業庁M&A支援機関、以下「JFSC」）代表取締役 五十嵐 悠一
中小企業の M&A・事業承継で最大の実務的な壁になるのが「許認可」です。「会社を売却すれば事業はそのまま継続できる」と思い込んでいた経営者が、クロージング直前に「買い手側で新規取得が必要」と判明し、計画が大幅に狂うケースが少なくありません。
本記事は、JFSC が実際の支援現場で繰り返し直面してきた業種別の許認可承継論点を、合併・会社分割・事業譲渡の3パターンに沿って横断的に整理したガイドです。中小企業庁「中小M&Aガイドライン第3版」および各業種の根拠法令・所管省庁の公式情報に基づき、20業種を網羅します。
本記事は概観整理を目的とした参考情報です。個別案件の許認可判断は、所管省庁・専門の行政書士・弁護士へ必ずご相談ください。
📘 宅建業（不動産業） M&A の全体像（中核ピラー）
業者数 13.2 万社・後継者不在率 61.3%・法改正三重苦・2026 年問題で変わる宅建業（不動産業）承継の選択肢——本記事の前提となる業界全体動向は なぜ今、宅建業（不動産業）を M&A すべきか で網羅解説しています。
1. なぜ「許認可」が M&A・事業承継で最大の壁になるのか
許認可承継の難しさは、以下の3要素から生まれます。
1-1. 法令ごとに承継ルールがバラバラ
建設業法・宅地建物取引業法・貨物自動車運送事業法・医療法・薬機法・食品衛生法・旅館業法…各業種の根拠法令ごとに「合併で承継できるか / 会社分割で承継できるか / 事業譲渡で承継できるか」のルールが異なります。
1-2. 「人的要件」と「物的要件」の両面確認が必要
許認可の多くは、有資格者の配置（経営業務管理責任者・専任技術者・専任宅建士・管理薬剤師・食品衛生責任者 等）と、設備・施設要件（事務所・店舗・倉庫・車両 等）の両方を満たす必要があります。承継時には人的要件と物的要件の両方を再確認しなくてはなりません。
1-3. 認可までの所要期間が事業価値に直結
事業譲渡で買い手が新規許可を取得する場合、業種により1〜6か月の審査期間が必要です。この間、買い手は事業を実施できないため、売上機会損失・顧客離反のリスクが発生します。
2. 許認可承継の 3 パターンと業種別の違い
M&A・事業承継において、許認可がどう承継されるかは承継スキームにより異なります。
2-1. 合併（吸収合併・新設合併）
法人格そのものが包括承継されるため、多くの業種で許認可が自動承継されます（一部、所管庁への変更届出が必要）。
| 該当しやすい業種 | 注意点 |
|---|---|
| 製造業・卸売業・小売業 | ほぼ自動承継 |
| 建設業 | 自動承継だが、合併認可申請が必要なケースあり |
| 運送業 | 譲渡譲受認可が原則だが、合併は別ルート |
2-2. 会社分割（吸収分割・新設分割）
事業を切り出して別法人に承継するスキーム。許認可承継の可否は業種により分かれます。
| 該当しやすい業種 | 注意点 |
|---|---|
| 建設業 | 認可申請が必要、要件確認必須 |
| 宅建業 | 免許承継は可能だが、変更届と事務所要件の再確認 |
| 運送業 | 譲渡譲受認可申請が必要 |
| 医療法人 | 制限あり、社員交代等の代替手法が一般的 |
2-3. 事業譲渡
事業の個別資産・契約を譲渡するスキーム。許認可は原則として承継されず、買い手側で新規取得が必要です。
| 該当しやすい業種 | 注意点 |
|---|---|
| 飲食業（食品衛生法） | 新規許可必須、保健所での再申請 |
| 薬局（薬機法） | 新規開設許可必須、管理薬剤師の確保 |
| 美容業 | 施設ごとに新規届出必須 |
| 医療（個人クリニック） | 新規開設届、廃止届とセット |
スキーム選択は税務・労務・契約承継とも絡むため、株式譲渡 vs 事業譲渡 — 売り手の意思決定も併せてご参照ください。
3. 業種別の論点（20 業種網羅）
各業種について、根拠法令・所管省庁・承継パターン別の可否と注意点を整理します。
3-1. 建設業（建設業法・国土交通省所管）
- 原則：建設業許可は一身専属性が強く、事業譲渡では原則として買い手が新規取得。株式譲渡では法人格維持で許可継続(変更届のみ)。
- 令和元年改正・令和2年10月施行：従来の「経営業務管理責任者」個人要件から「適切な経営管理責任体制」(組織的体制)へ変更。実務呼称として「経管」は依然通用するが、制度上は組織体制での評価が原則。
- 令和4年(2022年)認可承継制度：事業譲渡・合併・会社分割について、事前認可があれば許可番号を引き継げる「認可承継制度」が拡充。手続期間は3〜6ヶ月。
- 専任技術者：営業所ごとに配置必須。退職リスクを買い手が事前確認する論点。
- 経営事項審査(経審)：公共工事入札参加業者は経審の再受審が必要。M&A後の経営状況点数(Y点)変動に注意(自己資本・利益・流動比率等が下落すると入札ランク下降)。
- 従業員引継ぎ：株式譲渡では自動承継、事業譲渡では個別転籍同意が必要。技術者の継続雇用は許可維持の前提条件。
- 関連法令：建設業法／国土交通省 建設業の許可
3-2. 宅建業（宅地建物取引業法・国土交通省所管）
- 原則：宅建業免許は譲渡不可、買い手側で新規取得（合併承継のみ宅建業法第7条で明示的に規定）
- 会社分割：宅建業法第7条は合併のみ明示しており、会社分割の取扱いは法令上曖昧。所管庁（都道府県・国交省地方整備局）への事前照会が必須
- 重点要件：専任の宅地建物取引士の配置（5名に1名以上）、事務所要件
- 個別解説：「宅建業の免許は譲渡できない」 — 事業譲渡で宅建業 M&A を成立させる実務構造、宅建業者向け：廃業vsM&A 完全比較ガイド
3-3. 運送業（貨物自動車運送事業法・国土交通省所管）
- 原則：一般貨物自動車運送事業許可は譲渡可能（譲渡譲受認可申請が必要）
- 所要期間：3〜6か月の認可審査
- 重点要件：運行管理者・整備管理者の配置、車両・営業所・休憩睡眠施設要件
- 注意：認可までの空白期間で事業継続困難になるケースあり、引継ぎ計画必須
3-4. 医療（医療法・医師法・厚生労働省所管）
- 医療法人：事業譲渡は限定的。社員交代・理事変更による実質承継が一般的
- 個人クリニック：事業譲渡では廃止届＋新規開設届のセット
- 重点要件：管理者（医師）の配置、施設基準
- 会社分割：平成28年9月施行の改正医療法で医療法人の分割制度が新設（一般社団・財団系の医療法人で活用可）。ただし社会医療法人・特定医療法人・持分のある医療法人は分割対象外
3-5. 介護事業（介護保険法・厚生労働省所管）
- 原則：都道府県・市町村の指定を再取得（指定の更新・変更手続）
- 重点要件：管理者・介護福祉士等の人員要件、施設基準
- 合併：指定の引継ぎ可能だが届出必要
- 関連：育児・介護休業法改正 — M&A との連動戦略
3-6. 薬局（医薬品医療機器等法(薬機法)・厚生労働省所管）
- 原則：薬局開設許可は店舗ごと。事業譲渡では新規開設許可必須(保健所申請)、株式譲渡では法人格維持で変更届のみで継続。
- 業界背景：経営者高齢化・後継者不在・大手調剤チェーンの参入・調剤報酬改定への対応負担で、近年M&Aニーズが急増。
- 保険薬局指定：薬局開設許可とは別に、保険調剤を行うには地方厚生局の保険薬局指定が必要。事業譲渡では指定再取得(指定切れ期間中は保険調剤不可、売上停止リスク)。
- 管理薬剤師：店舗ごとに配置必須。退職リスクを買い手デューデリジェンス(DD)で重点確認。
- 門前医師との関係性承継：処方箋集中度が高い門前薬局は、医師との信頼関係が事業価値の中核。M&A後の継続合意が成約後の収益安定の鍵。
- 店舗形態：自己所有か賃貸かで手続きが変わる。賃貸の場合、貸主の承諾と賃貸借契約の名義変更が必要。
- 関連法令：薬機法／厚生労働省 医薬品行政／PMDA
3-7. 飲食業（食品衛生法・厚生労働省・地方保健所所管）
- 原則：飲食店営業許可は譲渡不可、事業譲渡では新規取得必須
- 重点要件：食品衛生責任者の配置、店舗ごとの許可
- 合併：法人格承継で対応可、店舗ごとに変更届
3-8. 旅館・ホテル業（旅館業法・厚生労働省所管）
- 原則（重要・改正反映）：令和5年12月13日施行の改正旅館業法により、事業譲渡でも都道府県知事等の承認を受ければ地位承継可能（合併・分割と同等の扱い）。承認なしの譲渡は依然として新規取得が必要
- 重点要件：構造設備基準、消防法令適合、建築基準法適合
- 会社分割：地位承継可能（要届出）
- 付随許認可：温泉法・食品衛生法・酒類販売免許
3-9. 製造業
3-10. 小売業
- 店舗賃貸借契約：オーナー変更による契約解除条項（チェンジオブコントロール条項）の確認
- 個別免許：酒類販売業免許（要承継確認）、たばこ小売販売業許可等
- 化粧品・医薬品販売：別途許可
3-11. 卸売業
- チェンジオブコントロール条項：主要仕入先・販売先との取引契約の承継可否
- 酒類卸売業免許：別途許可、承継要確認
- 個別解説：卸売業の事業承継・M&Aを成功させるには？業界特有の課題と注意点
3-12. 美容業（美容師法・厚生労働省所管）
- 原則：美容所開設届は施設ごと、事業譲渡では新規届出必須
- 重点要件：管理美容師の配置、構造設備基準
- 顧客データ：個人情報保護法に配慮した引継ぎ
3-13. 自動車整備（道路運送車両法・国土交通省所管）
- 指定整備事業認証：合併では承継可、事業譲渡では再認証
- 重点要件：整備主任者の配置、設備基準
3-14. 教育（私立学校法・学校教育法 / 学習塾は対象外）
- 学校法人：合併は文部科学大臣・知事認可必要、事業譲渡は原則不可
- 学習塾・予備校：許認可不要、ただし講師との契約継続が事業価値の核心
3-15. 不動産賃貸（宅建業法 / 賃貸借契約）
- 賃貸物件オーナー変更通知、敷金承継、サブリース契約の確認
- 宅建業免許：賃貸専業でも自社所有物件以外の仲介は要免許
- 個別解説：【2026年最新】不動産・賃貸管理会社のM&A売却相場と高値譲渡の3つの条件
3-16. 農業・農林水産（農地法・農業協同組合法 等）
- 農地所有適格法人：要件確認（構成員・議決権・事業要件）
- 農業生産法人 / 漁業協同組合員：資格承継要確認
- 設備・機械・ブランド（産地名）：継続使用可否
3-17. 産業廃棄物（廃棄物処理法・都道府県所管）
- 産業廃棄物収集運搬業許可：合併でも原則として新規許可申請が必要（建設業・運送業のような承継認可制度は無い）。ただし所管庁との事前協議により、合併効力発生日に合わせた取得スケジュール調整は可能
- 重点要件：特別管理産業廃棄物管理責任者、車両・処理施設要件
- 事業譲渡：同様に原則新規取得
3-18. 葬儀業
- 基本的に許認可不要（一部、火葬場・墓地経営は別法令）
- 重点：会員制度・互助会契約の承継、施設賃貸借
3-19. 特定非営利活動法人(NPO) 法人（NPO 法・所轄庁所管）
- NPO 法人は M&A の対象外：合併は可能（所轄庁認証必要）
- 個別解説：NPO法人のM&Aはできる？ 営利法人との違いと事業承継の進め方
3-20. 社会福祉法人（社会福祉法・厚生労働省所管）
- 株式譲渡は不可、合併も限定的
- 個別解説：【M&A|社会福祉法人、宗教法人】 結論「社福はダメ絶対！」な理由と、業界に突きつけられた自粛勧告
4. よくある失敗パターン
JFSC の現場で繰り返し見てきた「許認可関連の失敗事例」を整理します。
4-1. クロージング後に「許可承継不可」が判明
事業譲渡型 M&A で買い手側の許可取得時期を確認せず、クロージング後に「買い手で新規許可が下りるまで休業」となり、顧客離反・売上消失。事前に行政書士による許認可 DD が必須です。
4-2. 専任資格者の退職リスク
専任宅建士・経営業務管理責任者・管理薬剤師等の有資格者がクロージング前後で退職し、許可継続要件を満たさなくなるケース。雇用継続の事前合意・代替確保策を 株式譲渡契約書(SPA) に盛り込む必要があります。
4-3. 事務所・施設要件の更新漏れ
旅館業・美容業・薬局等で、施設の構造設備基準が買い手側の運営計画と整合せず、リフォーム・移転が必要に。事前の施設適合確認を行います。
4-4. 付随契約の承継漏れ
小売業・卸売業でチェンジオブコントロール条項の確認漏れにより、主要仕入先・販売先との取引が打ち切り。主要契約の事前棚卸しが必須です。
許認可以外の失敗事例については、M&A 失敗事例 — 表明保証違反・仲介トラブル・支援機関登録取消、判例で見る売り手の自衛策もご参照ください。
5. M&A 実行前の許認可チェックリスト
売り手・買い手の双方が、M&A 検討初期段階で確認すべき許認可項目を整理します。
| # | 確認項目 | 主担当 |
|---|---|---|
| 1 | 自社の事業に必要な許認可一覧の棚卸し | 売り手 |
| 2 | 各許認可の有効期限・更新時期 | 売り手 |
| 3 | 専任資格者の配置状況（有資格者の継続意思含む） | 売り手 |
| 4 | 許認可の承継パターン別可否（合併/会社分割/事業譲渡） | 行政書士・弁護士 |
| 5 | 買い手側で新規取得が必要な場合の所要期間 | 行政書士 |
| 6 | 認可期間中の事業継続スキーム（一時委託 等） | 双方 |
| 7 | 施設・設備の基準適合確認 | 買い手 |
| 8 | 主要契約のチェンジオブコントロール条項確認 | 弁護士 |
| 9 | クロージング後の変更届・更新届スケジュール | 行政書士 |
| 10 | 所管庁への事前照会実施 | 行政書士 |
このチェックリストの自動化版として、M&A 売却ロールプレイングシミュレーターでは Phase 8（DD 段階）で許認可確認の意思決定を疑似体験いただけます。
6. 専門家との連携 — M&A は「チーム戦」
許認可がある業種の M&A・事業承継は、仲介会社（FA）単独では完結しません。以下の専門家との適切な連携が成否を分けます。
| 専門家 | 役割 | 関与タイミング |
|---|---|---|
| 行政書士 | 許認可の承継可否確認、新規取得申請、所管庁との折衝 | 検討初期〜クロージング後 |
| 弁護士 | 契約条項（チェンジオブコントロール(CoC)・補償・表明保証）、許認可関連法令解釈 | 基本合意〜SPA |
| 税理士 | スキーム別の税務影響、譲渡所得税試算 | スキーム検討段階 |
| 公認会計士 | 財務 DD、企業価値評価 | DD 段階 |
| 司法書士 | 登記関連（商号変更・役員変更・本店移転） | クロージング前後 |
| 仲介会社（FA） | 全体プロセス管理、買い手探索・条件交渉 | 全期間 |
JFSC はM&A 支援機関登録事業者として、上記士業との横断ネットワークを持ち、案件特性に応じた専門家紹介を行っています。詳細はM&A の弁護士・公認会計士・税理士 — 顧問先生に M&A 専門性が薄い可能性、二段体制で補完をご参照ください。
7. JFSC のスタンス — 「業種特性を踏まえた個別設計」を旨とする
JFSC は中小企業向け M&A アドバイザリーとして、業種特化型ではなく全業種対応の立場をとっています。これは、許認可承継論点が業種ごとに大きく異なる中、「どの業種でも対応可能な汎用フレーム」と「業種特化の個別深掘り」を両立する設計が、中小企業オーナー様にとって最適と考えるためです。
実務上は：
- 建設業・宅建業・運送業・薬局・介護：許認可承継論点が複雑、案件初期から専門の行政書士と連携
- 医療法人・社会福祉法人・宗教法人：M&A では限定的、別の承継スキーム検討（社福法人M&Aは「ダメ絶対」 参照）
- 製造業・卸売業・小売業：許認可は限定的、事業承継スキームの選択肢が広い
- NPO 法人：M&A 対象外、合併・解散の組合せ検討（NPO 法人 M&A 解説 参照）
弊社は完全成功報酬制（最低手数料 700 万円・着手金/中間金なし）で、許認可確認段階の事前相談から承継完了まで、判断材料の提供に徹しています。
8. まとめ — 許認可は「最初に確認」が鉄則
| ポイント | 要旨 |
|---|---|
| 1 | 許認可承継ルールは業種・スキームで異なる。一律ではない |
| 2 | 合併＞会社分割＞事業譲渡 の順に承継しやすい（一般則、業種別例外多数） |
| 3 | 専任資格者・施設要件の同時確認が必須 |
| 4 | 新規取得が必要な場合は所要期間の見込みを事前に立てる |
| 5 | 行政書士・弁護士との早期連携で事故を防ぐ |
| 6 | M&A 検討初期で許認可棚卸しを実施することがクロージングの確度を上げる |
事業承継・M&A の第一歩として、まずは以下の弊社ツールをご活用ください。
よくあるご質問（FAQ）
執筆者・監修者
五十嵐 悠一(IGARASHI Yuichi)
株式会社 日本財務戦略センター(JFSC)代表取締役
京都大学経済学部卒業後、大手損害保険会社、上場プライム上場M&A仲介会社を経て、日本財務戦略センターを設立。中小企業庁が定める「M&A支援機関」に登録。年間100件以上の経営相談に応じ、特に困難な状況にある中小企業の事業再生型M&A・事業承継案件に豊富な実績を持つ。中小企業オーナー経営者に寄り添う戦略の立案・実行で信頼を得る。
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許認可業種のうち医療機関について、当社は口コミの読み方を一次データで検証した独自調査 クリニックのGoogleクチコミ分析（都内サンプル・匿名集計） を公開しています。業種横断の比較は 業種別クチコミ分析レポート一覧 からどうぞ。
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執筆者
五十嵐 悠一（いがらし ゆういち）
株式会社日本財務戦略センター 代表取締役
京都大学経済学部経営学科卒業。株式会社損害保険ジャパン本店営業部、東証上場M&A仲介会社を経て、2020年5月に日本財務戦略センターを設立。中小企業のM&A仲介・事業承継支援を専門とし、医療・介護・食品製造・流通卸・機械製造分野の成約実績を持つ。
資格：プロフェッショナルCFO（日本CFO協会）／M&Aエキスパート（金融業務2級 事業承継・M&Aコース）
公的登録：中小企業庁 M&A支援機関 登録事業者／一般社団法人 M&A支援機関協会 正会員
メディア登壇：株式会社サイゾー Business Journal ウェブセミナー講師「【売り手向け】M＆Aを成功させるための具体的な行動・プロセス・知識」（2022年6月）［公式告知］
専門家コラム寄稿：BATONZ（国内最大級M&A プラットフォーム）に M&A・事業承継 74本（2021年〜継続）［コラム一覧］
免責事項
本記事は一般的な情報提供を目的としており、特定の案件における法務・税務・会計判断を提供するものではありません。法務・税務・会計の個別判断は、弁護士・税理士・公認会計士等の専門家にご相談ください。M&Aのスキーム設計・タイミング・買い手探し等のアドバイザリーは、株式会社日本財務戦略センターにご相談ください。記載内容は公開時点の情報に基づき、法令改正や市場変動により最新の状況と異なる場合があります。
よくあるご質問（FAQ）
📅 本記事の情報基準日
本記事は 2026年4月27日 公開時点の情報に基づきます。税制・法令等は改正される場合があるため、最新の制度・税制は公的機関の公式情報をご確認ください。
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