📌 結論サマリ（30 秒で読める）
M&A 支援機関登録制度は中小企業庁が 2021 年 8 月に開始した認定制度で、2026 年 2 月時点で 3,046 機関（法人 2,339／個人 707）が登録済み。2026 年 4 月 20 日には株価計算ツール・手数料計算ツールが公開され、経営者が事業承継・M&A の概算を自力試算できる環境が整いました。本記事では中小企業庁 公式ツールの仕様詳細、中小 M&A ガイドライン第 3 版（2024 年 8 月）の重要変更点、JFSC 業種別詳細ツールとの比較、信頼できる支援機関の選び方まで、2026 年最新情報で網羅します。
JFSC も同等の独自ツールを無料公開中
中小企業庁の公式ツール（汎用版）に加え、JFSC では業種別マルチプル・地域別係数・後継者不在補正まで反映した詳細試算ツールを無料公開しています。業種別 株価試算ツール ／ M&A 手数料シミュレータ。本記事で公式ツールの使い方を学んだ後、JFSC 版でより詳細な業種別試算もぜひお試しください。
1. M&A 支援機関登録制度とは（2026 年最新版）
M&A 支援機関登録制度は、中小企業庁が 2021 年 8 月に創設した認定登録制度です。中小企業の M&A 仲介・FA（フィナンシャル・アドバイザリー）を担う事業者を、中小企業庁が定める要件（中小 M&A ガイドライン遵守等）を満たした場合に「登録 M&A 支援機関」として公表します。
2026 年最新の登録機関数
- 登録機関総数：3,046 機関（2026 年 2 月 13 日 令和 7 年度登録申請締切時点）
- 内訳：法人 2,339 機関＋個人事業主 707 機関
- 業種別内訳：M&A 仲介・FA 専業会社、税理士・公認会計士、地銀・信金、コンサル等
- 出典：中小企業庁 M&A 支援機関登録制度に係る登録 FA 及び仲介業者の公表
登録機関を利用するメリット
- 事業承継・引継ぎ補助金の対象：登録機関のみが補助金（上限 200 万円程度）の支援機関要件を満たす
- 公的データベース検索で公開：中小企業庁の登録機関検索で経営者が直接比較可能
- 中小 M&A ガイドライン遵守の証：手数料体系の透明化・テール条項の適切運用等が要件化
- 不適切事案レポートの対象：問題のある支援機関は通報窓口で監視される
JFSC（株式会社日本財務戦略センター）も中小企業庁 M&A 支援機関に登録済です。代表 五十嵐 悠一は日本 CFO 協会認定プロフェッショナル CFO・M&A エキスパート資格を保有しています。詳細は代表挨拶ページもご参照ください。
2. 中小企業庁 公式株価計算ツールの仕様詳細
2026 年 4 月 20 日、中小企業庁は M&A 支援機関登録制度の Web サイトに株価計算ツールを公開しました（公式ツール URL）。
入力項目（11 項目）
- 現金・預金
- 利息負担債務
- 帳簿上純資産
- 非営業資産（時価評価）
- 債務的項目
- 営業利益
- 減価償却費
- 当期純利益
- 一時的売上／費用
- 削減可能経費（役員報酬・交際費等）
- 業種分類（50 以上のカテゴリから選択）
採用される 3 つの評価手法
- EV/EBITDA 法：企業価値＝EBITDA（営業利益＋減価償却）× EV/EBITDA レーション − 純利息負担債務
- PER 法：株式価値＝当期純利益 × PER レーション
- PBR 法：株式価値＝帳簿上純資産 × PBR レーション
算出ロジックの根拠
2024 年に中小企業庁が収集した M&A 成約実績データベースから、業種別の第 1・第 3 四分位を用いて「範囲値」を算出します（参考値・幅をもった表示）。
ツールの限界（必ず確認）
- 参考値のみ：精度・妥当性の保証なし（公式免責事項）
- 買い手側の戦略的価値（シナジー・成長性）が反映されない
- 流動性割引・少数派株主割引は適用されない
- 赤字企業・多借金企業は範囲外（黒字企業前提）
- 実際の取引価格は、案件ごとの個別交渉で大きく変動
📊 公式ツールで算出された株価、本当に妥当？
汎用ツールでは反映されない業種別マルチプル・地域別係数・のれん評価・後継者不在補正を JFSC 独自ツールで詳細試算可能。算出結果のセカンドオピニオンとして M&A 仲介専門家への無料相談も承ります（完全成功報酬制、相談だけでも OK）。
3. 中小企業庁 公式手数料計算ツールの仕様詳細
同日 2026 年 4 月 20 日、手数料計算ツールも公開されました（公式ツール URL）。
用途
M&A 仲介・FA の成功報酬の概算を計算します。初期金・月額顧問料・マイルストーン費用は除外されます。
入力項目（5 項目）
- 株式価値（持分評価）
- 役員ローン
- 現金・現金同等物
- 利息負担債務
- その他債務（買掛金・未払い費用等）
レーマン方式の 4 パターン
- 株式価格法：持分価値のみを基準
- オーナー実現法：持分価値＋役員ローン
- 企業価値法：持分＋純利息負担債務
- 総資産移動法：持分＋全債務区分
典型的なレーマン方式の料率例
5,000 万円以下 5%／5,000 万-1 億円 4%／1-5 億円 3%／5-10 億円 2%／10 億円超 1%（最低手数料あり）。
ツールの限界
- 参考値のみ（公式免責事項）
- 対象は黒字企業・株式譲渡のみ
- 税金は含まれない
- 実際の手数料は個別案件・支援機関で大幅変動
- 支援機関ごとに料率テーブルが異なる（カスタマイズ可能）
💰 M&A 仲介手数料の相場、JFSC ならどう変わる？
大手 M&A 仲介の最低手数料は2,000 万円〜のケースが多い中、JFSC は完全成功報酬制・最低手数料 700 万円。着手金・中間金・月額顧問料はすべてゼロです。中小規模案件でも相談可能。
4. 中小企業庁公式 vs JFSC 業種別詳細版 比較表
| 項目 | 中小企業庁 公式ツール | JFSC 業種別詳細版 |
|---|---|---|
| 対象企業 | 黒字企業のみ | 黒字・赤字・事業再生型 含む |
| 業種粒度 | 50 業種分類（汎用） | 300+ 業種・サブ業種マルチプル |
| 地域別補正 | なし | 47 都道府県・政令市別係数 |
| 後継者不在補正 | なし | 帝国 DB データを反映 |
| のれん評価 | 対象外 | 含む（顧客基盤・許認可・技術等） |
| セカンドオピニオン | なし | M&A 仲介専門家へ無料相談可 |
| 料金 | 無料 | 無料 |
両者は補完関係です。公式ツールで業界全体の相場感をつかんでから、JFSC 詳細版で自社の業種・地域・経営状況に即した試算を行うのが効率的です。
5. 中小 M&A ガイドライン第 3 版の重要変更点
2024 年 8 月 30 日、経済産業省・中小企業庁は中小 M&A ガイドライン第 3 版を公表。M&A 支援機関の遵守事項が大幅に強化されました。
① 手数料の詳細説明義務
支援機関は契約前に、初期金・月額顧問料・マイルストーン費用・成功報酬・テール条項を具体的金額で明記する必要があります。「成功報酬○％（レーマン方式）」のような曖昧な提示は不適切とされます。
② テール条項の制限
非専任契約下で選ばれなかった支援機関が、後日成約に至った場合に「テール条項」を理由に手数料請求するのは原則禁止と明記。経営者は複数機関に並行相談する際の費用リスクが大幅に軽減されました。
③ 不適切譲受側情報共有スキーム
過去にトラブルを起こした「不適切譲受側」のリストが、M&A 支援機関協会（MAAA）と支援機関間で共有される体制が整備されました。経営者は「信頼できる買い手か」の判断材料を得やすくなっています。
④ 経営者保証ガイドラインとの連携
M&A による経営者保証の解除条件を整理。支援機関は経営者保証の有無・解除可能性を説明する義務を負います。
6. 信頼できる支援機関の選び方 5 つの基準
- 料金体系の透明性：レーマン方式の具体的料率・最低手数料・テール条項を公開しているか
- 登録機関の資格・経験：担当者の保有資格（公認会計士・税理士・CFO）と成約実績
- 中小 M&A ガイドライン第 3 版の遵守：公式サイトで明示している支援機関を選ぶ
- 不適切事案リストの参照：MAAA 共有スキームで「特定事業者リスト」に該当しないか
- セカンドオピニオンの取得：複数の登録機関で簡易見積もりを取り比較
JFSC は完全成功報酬制・着手金/中間金/月額料ゼロ・最低手数料 700 万円で運営しており、第 3 版のガイドライン要件を満たしています。詳細はJFSC の特徴をご参照ください。
7. 不適切事案・トラブル時の相談窓口
M&A 支援機関の対応に問題があった場合の通報・相談窓口は 2 つあります。
① 政府窓口（中小企業庁）
https://ma-shienkikan.go.jp/inappropriate-cases（平日 10:00-17:00）。事実の共有・啓発用として運営されています。
② 業界団体窓口（MAAA）
M&A 支援機関協会（2025 年 1 月に「M&A 仲介業者協会」から改名）の苦情相談窓口。会員機関への指導・処分対象として機能します。
JFSC は被害者支援の観点から、M&A 仲介の迷惑電話・営業の通報ガイドも公開しています。
Q1. M&A 支援機関に登録するメリットは？補助金以外にあるか。
登録機関は公式データベースで公開され、「国のお墨付き」の信頼シグナルになります。買い手・売り手双方から選ばれやすくなる効果があります。一方、手数料体系の透明化が必須要件のため、価格競争が激化する副作用もあります。
Q2. 株価計算ツールの結果が低かった場合、実際の買収価格はどう決まるか。
ツール結果は業種別・規模別の平均値（第 1・3 四分位）です。実際の価格は営業権（のれん）・成長性・競争力・買い手の戦略的価値で上昇する可能性があります。必ず支援機関に相談して個別評価を受けてください。
Q3. 手数料計算ツールで「株式価格法」と「企業価値法」のどちらを選ぶべきか。
株式価格法＝シンプル（株主への配分のみ）、企業価値法＝借金も含める（支援機関が提示する「企業価値」ベース）。支援機関が提示する料金体系に合わせるのが正解。迷ったら両方試算して機関に確認しましょう。
Q4. 中小 M&A ガイドライン第 3 版で「テール条項」が制限されたが、何が変わったのか。
複数機関で支援を受ける場合、最終的に選ばれなかった機関がテール条項を理由に手数料請求することが原則禁止と明記。支援機関は予めこのリスクを経営者に説明する義務を負います。複数機関への相談ハードルが大幅に下がりました。
Q5. 登録支援機関データベースで検索後、どの機関を選べばいいか。
①料金表を比較／②担当者の資格・経験年数・成約実績を確認／③中小 M&A ガイドライン遵守を公開しているか確認／④複数機関の簡易見積もりを取得・比較／⑤不適切譲受側リスト（MAAA 公開）も参照、の 5 ステップが標準です。
Q6. M&A 支援機関との契約前に確認すべき手数料の詳細項目は何か。
①成功報酬（レーマン方式・料率）／②最低手数料額／③初期金・月額顧問料（あれば）／④マイルストーン費用（あれば）／⑤テール条項の有無と期間／⑥契約解除時の精算ルール、を必ず確認してください。第 3 版で説明義務が強化されています。
Q7. 事業承継・引継ぎ補助金で「登録機関利用」が要件化されたが、必ず受けるべきか。
補助金は FA・仲介業務の一部費用を補助（上限 200 万円程度）するもの。補助金メリット ＞ 余剰コストであれば検討価値があります。赤字覚悟で安い機関を選ぶより、適切な支援を受けることが長期的利益につながります。
Q8. M&A 支援機関の不適切対応が発生した場合、どこに報告すればいいか。
①政府窓口（中小企業庁、平日 10:00-17:00）／②MAAA 苦情相談窓口。政府窓口は事実の共有・啓発用、協会は会員機関への指導・処分対象として機能します。
Q9. 黒字でない場合、株価計算ツール・手数料計算ツールは使えるか。
両ツールは黒字企業を前提に開発されています。赤字企業はツールでは参考値を得にくいですが、実際の買値は収益化計画・知的資産・顧客基盤を複合評価します。JFSC では赤字企業・事業再生型 M&A の相談実績も多数。無料相談をご利用ください。
Q10. M&A 支援機関登録制度と、金融機関・会計事務所の M&A 相談の使い分けは。
登録制度＝ガイドライン遵守・料金透明化が保証される／金融機関・会計事務所＝登録制度外でも支援可能（補助金対象外）。信頼性・料金明確性が必要なら登録機関、地域密着・既存関係重視なら金融機関等を活用するのが効率的です。
中小企業庁ツールの結果を、
業種別・地域別の専門視点で検証します
JFSC（株式会社日本財務戦略センター）は中小企業庁 M&A 支援機関に登録済み。完全成功報酬制、最低手数料 700 万円、着手金/中間金/月額料ゼロで運営しています。中小 M&A ガイドライン第 3 版に準拠した運営を行い、相談だけでも無料で対応します。
執筆者
五十嵐 悠一（いがらし ゆういち）
株式会社日本財務戦略センター 代表取締役
京都大学経済学部経営学科卒業。株式会社損害保険ジャパン本店営業部、東証上場M&A仲介会社を経て、2020年5月に日本財務戦略センターを設立。中小企業のM&A仲介・事業承継支援を専門とし、医療・介護・食品製造・流通卸・機械製造分野の成約実績を持つ。
資格：プロフェッショナルCFO（日本CFO協会）／M&Aエキスパート（金融業務2級 事業承継・M&Aコース）
公的登録：中小企業庁 M&A支援機関 登録事業者／一般社団法人 M&A支援機関協会 正会員
メディア登壇：株式会社サイゾー Business Journal ウェブセミナー講師「【売り手向け】M＆Aを成功させるための具体的な行動・プロセス・知識」（2022年6月）［公式告知］
専門家コラム寄稿：BATONZ（国内最大級M&A プラットフォーム）に M&A・事業承継 74本（2021年〜継続）［コラム一覧］
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よくあるご質問（FAQ）
📅 本記事の情報基準日
本記事は 2026年4月27日 公開時点の情報に基づきます。税制・法令等は改正される場合があるため、最新の制度・税制は公的機関の公式情報をご確認ください。
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