医療法人 M&A・クリニック承継
中小医療法人理事長・クリニック院長の
後継者難倒産が、
過去最多水準。
医療法人（医療法）（医療機関・クリニック・病院・診療所）の事業承継・M&A・事業承継対策に特化。
理事長承継・診療科目・医師会対応・カルテ承継・保険請求まで、実務目線で設計します。
※ 中小企業の後継者不在率は約 50.1%（帝国データバンク2024年調査）。うち 医療法人領域でも、後継者不在を理由とする廃業・倒産が増加傾向。人件費高騰と需要構造変化が、廃業判断を加速させています。
長年積み上げた医療法人の技術と、
従業員と、顧客の信頼を、
畳まずに渡す方法があります。
一人で抱え込む必要はありません。
法人を守り、患者を守り、
スタッフを守り、先生の次の人生を設計する。
出資持分の評価・理事長交代・
保険医療機関指定の変更、
そして地域医療構想との整合まで。
都道府県知事認可・厚生局届出・
法務局登記を一体で設計し、
承継後の混乱を未然に防ぎます。
いま、医療法人に
起きていること
DATA & CONTEXT
全国の医療法人数は 58,902法人（2024年3月、前年比+897）。病院数は 8,060施設（うち医療法人運営5,634施設、病床数829,040床、2024年）に達し、地域医療の中核を担っています。複数院運営・病院・有床診療所を抱える医療法人は、株式会社のM&Aとは全く別の手続き体系で承継を進める必要があります。
持分あり医療法人は 約62.5%（持分なしは37.5%、2024年6月時点）。2007年の医療法改正以降に新設された法人は持分なしですが、それ以前の経過措置型法人は今も多数残存します。出資持分の評価・移転・課税の論点を整理しないまま代替わりを迎えると、相続税・贈与税の課税リスクが顕在化します。認定医療法人制度（持分あり→なし移行、令和8年12月31日期限）の活用判断も含め、税理士・弁護士との連携が不可欠です。
2024年の医療機関倒産は 64件で過去20年最多、休廃業・解散は 722件で過去最多、合計786件に達しました。診療所医師の平均年齢は 60.4歳、70歳以上が 23.0%を占めます。後継者不在率は医療業 61.8%と全業種平均（52.1%）を9.7ポイント上回り、全業種中3位の高水準です。「医師にしか継げない」という前提が、引退時期の判断を遅らせる構造的要因となっています。
医療法人グループによる多院化、ヘルスケアファンドの本格参入により、複数院・病院クラスの医療法人を承継する受け手が育ってきました。事業承継・引継ぎ支援センター（公的機関）の成約件数も2023年度に 2,132件で過去最多を記録。「親族にしか渡せない」という時代は終わりつつあり、地域医療を継承する若手医師理事長、グループ系医療法人、ヘルスケアファンド出資の医療グループという「受け手の多層化」が進んでいます。
承継スキームの
3類型と特徴
SCHEME COMPARISON
医療法人の設立時期と形態によって、選択できる承継スキームが大きく異なります。持分あり経過措置型では「出資持分譲渡」、持分なしでは「社員変更＋役員交代」、複数院統合では「合併（医療法57条）」が主な手法です。法人格が継続するため保険医療機関コードは原則維持されますが、理事長要件・社員総会決議・都道府県認可の各論点を同時並行で動かす必要があります。
| 医療法人の形態 | M&Aスキーム | 特徴 |
|---|---|---|
| 持分あり医療法人 （2007年以前設立／経過措置型） |
出資持分譲渡 （主流） |
覚書→持分譲渡契約→持分移転→臨時社員総会で社員変更決議→臨時社員総会で理事変更決議→臨時理事会で理事長変更決議。経営権（議決権）は社員総会での社員交代手続きが別途必要。法人格継続のため保険医療機関コードも維持される。 |
| 持分なし医療法人 （2007年以降の新設／基金拠出型） |
社員変更＋ 理事長・役員交代 |
持分譲渡は不可。社員変更＋役員変更で所有権・経営権を移転。対価は退職金として支払う設計が一般的（退職所得課税）。基金拠出型は基金返還・再拠出を組み合わせる。 |
| 医療法人グループ統合 | 合併 （吸収合併・新設合併） |
複数院を持つ医療法人グループの統合に活用。都道府県知事の認可が前提となる（医療法57条）。地域医療構想調整会議との事前調整も必要。 |
医療法第46条の6第1項により、医療法人の理事長は 医師または歯科医師であることが原則とされています（都道府県知事の認可を得れば例外あり）。このため、医療法人の買い手は医師・歯科医師個人、または医師を理事長に擁する医療法人グループ、ヘルスケアファンド出資の医療グループに限定されます。買い手探索の段階でこの要件を踏まえた絞り込みが必要となります。承継後の理事長候補（後継者の医師資格取得待ち期間）の暫定理事長設計も、案件設計の重要な論点です。
行政手続きの実務
「定款変更認可」と
「保険医療機関指定」を
どう扱うか
REGULATORY PRACTICE
医療法人M&Aの最大の論点は、都道府県知事による定款変更認可（医療法46条の6・47条）と、保険医療機関の変更届（厚生局：健康保険法65条）の取扱いです。理事長変更・社員変更・役員変更の各決議、認可・届出・登記を時系列で並走管理する必要があり、タイミングを誤ると診療報酬請求に支障が出ます。
（医療法46条の6・47条）
（健康保険法第65条）
（一般法人法準用）
持分あり医療法人では、社員変更（議決権の移転）と出資持分譲渡（財産権の移転）が別建ての手続きとなる点が、株式会社M&Aとの最大の差異です。両者を時系列で整合させる設計が、承継成否を分けます。
（医療法施行規則）
（医療法第30条の14）
2040年新地域医療構想（令和6年末取りまとめ）への移行も視野に、中長期視点での機能再編を承継スキームに組み込みます。承継対価の算定にも影響する論点であり、初期相談時から並走で整理します。
買い手側も医師確保を前提に評価額を提示するため、常勤医の継続意思確認・労働条件の擦り合わせを契約締結前後に慎重に設計します。スタッフへの開示タイミング、退職金・有給休暇・勤続年数の引継条件は、社会保険労務士と連携して整備します。
「廃業」と「承継」の
収支比較
CLOSURE vs SUCCESSION
病院・複数院運営の医療法人を廃業する場合のコストは、個人診療所とは桁が異なります。比較すべきは、第三者承継の対価ではなく、廃業した場合の累積支出です。50〜100床クラスの病院では、廃業コストだけで 1億〜3億円超に達する場合があります。
5,000万〜1億5,000万円規模
事業価値の一部に含まれる
数百万〜数千万円規模が発生
営業権・事業価値として評価対象
数千万〜1億円超の支出
退職金支出は発生しない（または承継）
カルテ5年間保管義務が継続
地域医療を絶やさない選択
マイナスになる場合があります
地域医療継続を両立できます
※上記は典型的な傾向の整理であり、個別事例の数値は病床数・診療科・収益性・建物所有形態・スタッフ構成・出資持分の有無等により大きく変動します。当社では、初期相談時に 廃業シナリオと承継シナリオの収支比較を整理し、判断材料をご提供します。最終的な税務処理の確定は、医療専門の税理士・公認会計士にご確認ください。
多くの理事長先生が「医師にしか継げないし、地域に若い医師はいない」とおっしゃいます。しかし、近年は 医療法人グループによる多院化、ヘルスケアファンド出資の医療グループ、独立志望の若手医師と、受け手の多層化が進んでいます。新規開業の初期投資（病院クラスで数億〜十数億円規模）と比べ、稼働中の医療法人を承継するメリットは極めて大きく、診療圏に対して受け手が確実にいるか、まずは無料相談で確かめていただくことをお勧めします。
代表からのメッセージ
MESSAGE
成約事例
CASE STUDIES
地域医療支援病院グループへ承継。
地域医療を残せた。」
内科系（循環器・消化器・呼吸器・腎臓・糖尿病等）／
外科系（一般外科・整形外科・脳神経外科・心臓血管外科）／
産婦人科／小児科／精神科／
回復期リハビリテーション病棟／地域包括ケア病棟／
療養病棟／有床診療所／在宅療養支援病院
※各事例の譲渡対価・スキーム概要は概算・参考値です。
弊社の成約実績および業界の平均的な成約条件を参考にしており、
実際の対価は出資持分の有無、BS/PL（貸借対照表・損益計算書）、
診療科・病床数・地域医療構想区分・
常勤医師確保状況など、個別要因により変動します。
渡し方を設計する、
4つの柱
FOUR PILLARS
壱
出資持分評価の
最大化を設計する
時価純資産＋のれん評価を軸に、持分あり医療法人の出資持分評価を最大化する設計を行います。認定医療法人制度（令和8年12月31日期限）の活用判断、退職金スキームとの組み合わせも含め、医療専門の税理士・公認会計士と連携して整理します。
弐
医師・スタッフ継続性の
確保
複数院体制を維持するための常勤医確保、施設基準の継続要件充足、看護師・コメディカルの労働条件擦り合わせ。買い手側の医師確保前提と、現体制の継続意思を擦り合わせ、社会保険労務士と連携して引継ぎを設計します。
「自分の会社ならいくら？」「うちの段階で何ができる？」が気になる方は、お気軽にどうぞ。
まず企業価値をセルフ試算する →
直近の業界動向
RECENT TRENDS
厚生労働省は令和6年末に 2040年新地域医療構想を取りまとめました。高度急性期・急性期・回復期・慢性期の病床機能区分を見直し、在宅医療・介護連携を含めた地域包括ケアシステムの深化が打ち出されています。承継スキームの設計時には、対象法人の病床機能が将来の地域目標に整合するか、転換の必要性と補助金活用の可否を初期段階で確認します。
2026年4月施行の改正医療法により、医師偏在対策と開業規制が本格化します。医師多数区域での新規開業に対する助言・要請の仕組み、地域枠医師の派遣調整等が制度化され、新規開業の難度が上がる場面が増えます。これにより、稼働中の医療法人を承継する選択肢の相対的価値が高まる方向です。承継時期の判断は中長期視点で行うことが重要です。
令和8年度診療報酬改定では、本体 3.09%増（令和8年6月1日施行）が決定しました。生活習慣病管理料の見直し、在宅医療連携の評価、いわゆる「囲い込み型」訪問診療への報酬抑制等の方向性が議論されています。経営環境の変化を踏まえ、承継時期の判断は中長期視点で行うことが重要となります。最新の改定内容については、日本医師会、および当社にご確認ください。
まずは、お問い合わせを
売るか、売らないか。
迷っている段階でも、構いません。
秘密厳守・無料でお受けします。
お問い合わせはこちら →
秘密厳守・完全成功報酬
〒103-0013 東京都中央区日本橋人形町1-1-8 神山ビル3A
TEL: 03-4500-7730 ／ info@jfsc.jp
対応時間：平日 9:00〜18:00
※時間外・土日祝はお問い合わせフォームから24時間受付
M&Aをもっと知りたい方へ
内容は2026年4月時点の情報・公表統計に基づきます。
事業承継・労務・税務の個別具体的なご判断は、必ず税理士・弁護士・社会保険労務士等の専門家にご確認ください。
ページ表示・リンク等の不具合がございましたら、お問い合わせフォームよりご連絡ください。
公的データ・統計（出典明示）
医療法人 の代表的な敗訴・賠償判例（DD・PMI で重要）
M&A 後の簿外債務リスクを定量化するため、業種特有の敗訴判例・賠償実例を一次ソースで参照します。
※ 個別案件によって賠償額・責任範囲は大きく異なります。M&A 検討時の DD 段階で、貴社固有のリスクを弊社（日本財務戦略センター）と専門家（弁護士・税理士等）でご確認ください。
都道府県・主要都市別 医療法人M&A ガイド
JFSC は全国対応。各エリアの市場特性・許認可手続き・地元金融機関ネットワークに対応した 医療法人M&A 事業承継支援を行っています。
都道府県別
主要政令指定都市別
医療法人 に近い業種の M&A ガイド
同じ業界の隣接領域や、買い手候補としてシナジーが見込める業種の M&A 解説です。
広域エリア別 M&A・事業承継 動向
地方経済産業局・地方厚生局の管轄ごとの M&A 動向・支援機関情報をまとめています。
医療法人 の最新法改正・公的トピック（2024-2026年）
M&A 検討時の DD で把握すべき業種関連法の最新動向です。一次ソースから確認できます。
医療法人・クリニックM&Aの注意点
医療法人・クリニックのM&A・事業承継には、許認可承継・専門資格者の確保・運営基準充足・契約上の地位移転など、業種固有の注意点があります。実務上もっとも問題になりやすいポイントを整理しました。
-
1
持分あり医療法人vs持分なし医療法人の評価・課税構造の相違
平成19年4月以降設立の持分なし医療法人では出資持分が法的に存在しないため、時価純資産評価+のれん評価の枠組みが機能しません。持分あり医療法人の場合、出資者の払戻請求権や解散時残余財産分配権が相続税評価対象となる一方、持分なし医療法人では法人内蓄積利益が個人資産と見なされないため評価額が大きく異なります。スキーム選択時に税理士確認が必須です。
-
2
保険医療機関指定の地理的制約と遡及指定リスク
移転先が移転元から直線距離2km以内の場合のみ遡及指定が受けられます。2km超過時は遡及不可となり、移転後初月は保険診療ができない「開設扱い」となり患者継続性に直結する売上損失が生じます。クロージング日程決定時に必ず事前確認し、遡及期限（前月10日前後締め切り）までに申請手続きを完了させる必要があります。
-
3
保険医・保険薬剤師の指定取得と契約上の地位移転
医療法人化やM&A後、個別の保険医指定申請が必要となります。既存院長の指定を承継した新院長が引き継げず、厚生局への変更届提出から再指定までに約1ヶ月を要します。その間、患者のレセプト請求に支障が生じるため、契約上は保険医指定完了までを引き継ぎ条件に組み込む必要があります。
-
4
認定医療法人制度の活用（令和11年12月期限）
持分あり医療法人から持分なし医療法人への移行を計画する場合、期限（令和11年12月末）までに厚労省認定を受け、認定後5年以内に移行を完了すると、持分放棄時の贈与税課税が回避できます。相続税対策として有効ですが、認定申請～移行完了までの時間軸が限定的です。
-
5
職員の配置基準継続と雇用契約の移転リスク
医療法上の診療科ごと医師配置基準、看護職員配置基準の維持がM&A後も継続されることを契約で確認する必要があります。M&A交渉段階で既存職員の雇用継続意思確認が不十分な場合、開設許可更新時に基準未充足となり業務停止リスクが生じます。
-
6
MS法人活用による間接的対価設計の可否検討
持分なし医療法人では直接的な持分譲渡ができないため、医療法人と関連する医療サービス提供会社（MS法人）の株式譲渡を組み合わせて対価を構成することが実務的選択肢となります。ただし過度な利益流出は税務リスクとなるため、事前に税理士と法務的妥当性を協議する必要があります。
-
7
開設許可の更新申請タイミング（有効期限6年）
医療法に基づく開設許可は6年ごとの更新が必須です。M&A完了後の更新タイミングが契約前後のいずれに該当するかで、新運営者が申請主体となるか旧運営者が継続申請するかが変わります。クロージング日程と更新期限の整合を事前確認し、手続き負担と費用を明確化する必要があります。
※上記は医療法人・クリニックM&Aで実務上問題になりやすい論点を整理したものです。個別案件では他にも検討すべき事項がございます。一次相談は無料でお受けしておりますのでお気軽にご相談ください。
数字で見る 医療法人業界の現在地
INDUSTRY STATISTICS
医療法人 M&A に効いてくる法令の地図
LEGAL FRAMEWORK
判例・賠償事例で見る リスクの輪郭
JUDGMENTS & LIABILITIES
業界団体と連携先のマップ
INDUSTRY ASSOCIATIONS
- ：医師の職能団体・医療政策への提言機関
- ：医療法人の利益代弁・経営サポート
- ：病院経営の課題解決・政策提言
保険の選び方と引継ぎ論点
INSURANCE
- ：医療事故による患者賠償請求／引受 東京海上日動・日本医師会共済 等
- ：医療機関全体の患者事故・施設管理責任
承継スキームと税務の見取り図
M&A SCHEMES & TAX
- ：…
- ：…
- ：… [出典]
- ：…
医療法人 M&A・事業承継 ― 実務でよくあるご質問
医療法人の M&A 検討段階で特に質問が多い実務論点を、業界規制・一次ソース根拠に基づいて整理しました。
Q1. 売却価格相場は？（病院・診療所別）
クリニック・診療所：営業利益の 3～5 年分が営業権の目安。
純粋価値 1,000～4,000 万円+建物・医療機器。実例：売上 1～1.8 億円規模で 2 億円前後
Q2. 持分なし医療法人への移行メリット？
相続税・贈与税が発生しない。
親族内承継が税制面で有利。ただし認定医療法人制度の期限は 2029 年末
Q3. 出資持分払戻請求への対応は？
持分あり医療法人では既得権。
払戻金を現金で捻出するか、新体制で段階支払い契約を結ぶ。弁護士・税理士の相談必須（業法注意）
Q4. 院長後継者の確保方法？
親族内／第三者継承いずれも医師資格・保険医登録が必須。
第三者の場合は経営理念・スタッフとの相性確認が重要
Q5. 保険医療機関指定の継続は？
M&A 後も既存指定が承継される場合が多いが、管理者変更・経営主体変更で都道府県厚生局に届出・承認申請が必須。
指定失効のリスクあり
Q6. 医師・看護師の継続雇用確保は？
M&A の成功は既存医療スタッフの継続が鍵。
給与・労働条件の維持契約、院長の人柄・経営方針の説明が重要
Q7. カルテの引継手続きは？
個人情報保護法の医療情報特例に基づき、患者同意 or 保護委員会協力通知で承継可。
電子カルテシステムの切替も同時に必要
Q8. 都道府県認可手続きの流れは？
医療法人の合併・分割では保健所（都道府県）の認可が必須。
書類作成～認可取得に 2～3 ヶ月。定款・資金移動・理事会決議を準備
Q9. 競業避止条項（医療法上の制限）は？
理事の現職中は利益相反取引の承認義務。
退任後は法定競業避止義務なし。ただし信義則上、明らかに同じエリア・科目で新院開設すれば問題になる可能性
Q10. 表明保証で確認すべき項目は？
①医師資格・保険医登録の有効性 ②医療事故・訴訟履歴 ③保険診療指定の状況 ④医療機器・建物の権利 ⑤医療スタッフの雇用契約 ⑥カルテ・医療記録の完全性
①医師資格・保険医登録の有効性 ②医療事故・訴訟履歴 ③保険診療指定の状況 ④医療機器・建物の権利 ⑤医療スタッフの雇用契約 ⑥カルテ・医療記録の完全性