奈良県で医療法人の
M&A・事業譲渡を
ご検討のオーナー様へ
医療法人(医療法)(医療機関・クリニック・病院・診療所)の事業承継・M&A・事業承継対策に特化。
理事長承継・診療科目・医師会対応・カルテ承継・保険請求まで、実務目線で設計します。

代表からのメッセージ
MESSAGE
損害保険ジャパン本店営業部(企業リスク・法務)→ 東証上場M&A仲介会社で多数の成約 → 2020年 日本財務戦略センター 創業
判断は、急がせた瞬間に歪む。
医療法人の承継は、出資持分や診療報酬の数字を超えて、患者さんとスタッフ、地域医療、そしてご自身の人生を引き渡す行為です。
都道府県知事の定款変更認可、出資持分の評価と移転、理事長要件の充足、保険医療機関指定の継続、地域医療構想との整合――。
仲介者には、医療法・健康保険法・一般法人法を踏まえた行政手続きの設計と、買い手・売り手・スタッフ・患者・行政の各当事者間の調整が同時に求められます。
中小企業庁 M&A支援機関登録事業者/M&A支援機関協会 正会員として、業界ガイドラインに則り、理事長先生の利益を第一に考え、医療専門の税理士・弁護士・行政書士・社会保険労務士等の専門家と連携して進めます。
まずはご相談だけでも。
奈良県の医療法人 M&A で実際に起こる論点
KEY ISSUES
定款変更・社員総会決議・ 都道府県認可。持分なし医療法人は出資持分処理が論点。
厚生局への変更届・再指定。承継後 1 ヶ月は新規開設と同じ扱いの可能性。
管理者(院長)の常勤維持・診療科目別の医師在籍基準。承継の最大リスク 。
5 年間保存義務・個人情報保護法対応・電子カルテ移行設計。
─ こうした論点を、丁寧に整理します ─
無料相談(秘密厳守・完全成功報酬) →奈良県 医療法人マーケット 最新データ
(出典:各一次ソース・統計を参照)
奈良県 医療法人 M&A の固有論点
① 奈良県立医科大学の単独派遣体制
奈良県立医科大学附属病院(橿原市)が県内医師供給のほぼ唯一の供給源。大学との関係が承継後の医師確保を左右する最重要因子。
② 大阪・京都・奈良の三大都市圏境界の患者流動
大阪・京都に近い北部(生駒・奈良市)では患者が大阪・京都の大病院に流出しやすい。患者定着率・通院継続率のDD精査が必要。
③ 吉野・十津川等の山間過疎地の無医地区問題
吉野郡・十津川村等の山間過疎地では無医地区化が現実の脅威。行政支援付きの承継・常勤医師確保スキームが求められる局面。
⑤ 医師会会員2,027人のネットワーク活用
奈良県医師会(2,027人)の会員高齢化が進み、後継者不在の承継相談が増加。医師会経由の案件ソーシングが有効な市場です。
当社が設計するもの
SCOPE OF SUPPORT
時価純資産+ のれん評価を軸に、持分あり医療法人の出資持分評価を最大化する設計を行います
複数院体制を維持するための常勤医確保、施設基準の継続要件充足、看護師・コメディカルの労働条件擦り合わせ
都道府県知事の定款変更認可(医療法46条の6)、厚生局への保険医療機関変更届、法務局への役員変更登記、 保健所へ
2040年新地域医療構想(令和6年末取りまとめ)への移行を視野に、病床機能区分の維持・転換、地域医療構想調整会議との事前
渡し方を設計する、
4つの柱
FOUR PILLARS
壱
出資持分評価の
最大化を設計する
時価純資産+のれん評価を軸に、持分あり医療法人の出資持分評価を最大化する設計を行います。認定医療法人制度(令和8年12月31日期限)の活用判断、退職金スキームとの組み合わせも含め、医療専門の税理士・公認会計士と連携して整理します。
弐
医師・スタッフ継続性の
確保
複数院体制を維持するための常勤医確保、施設基準の継続要件充足、看護師・コメディカルの労働条件擦り合わせ。買い手側の医師確保前提と、現体制の継続意思を擦り合わせ、社会保険労務士と連携して引継ぎを設計します。
成約事例
CASE STUDIES
※当社成約事例の一般化・匿名化、個別案件で大きく異なります。相場を示すものではありません
地域医療を残せた。」
ヘルスケアファンド出資の医療グループへ承継。
そのまま残せた。」
急性期過剰区域、地域医療支援病院が吸収合併。
同時に整理できた。」
承継のご相談
事例を見て、ご自身のクリニック(医療法人)が頭に浮かんだ方へ
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図解で見る ― 医療法人 M&A の論点マップ
VISUAL OVERVIEW
即答:株式譲渡 vs 事業譲渡(医療法人特有)
| 医療法人の形態 | M&Aスキーム | 特徴 |
|---|---|---|
| 持分あり医療法人 (2007年以前設立/経過措置型) | 出資持分譲渡 (主流) | 覚書→持分譲渡契約→持分移転→臨時社員総会で社員変更決議→臨時社員総会で理事変更決議→臨時理事会で理事長変更決議。経営権(議決権)は社員総会での社員交代手続きが別途必要。法人格継続のため保険医療機関コードも維持される。 |
| 持分なし医療法人 (2007年以降の新設/基金拠出型) | 社員変更+ 理事長・役員交代 | 持分譲渡は不可。社員変更+役員変更で所有権・経営権を移転。対価は退職金として支払う設計が一般的(退職所得課税)。基金拠出型は基金返還・再拠出を組み合わせる。 |
| 医療法人グループ統合 | 合併 (吸収合併・新設合併) | 複数院を持つ医療法人グループの統合に活用。 都道府県知事の認可が前提となる(医療法57条)。地域医療構想調整会議との事前調整も必要。 |
※ 個別案件の最適スキームは弁護士・税理士等の専門家とご相談ください。
─ スキーム選択は早めにご相談を ─
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起きていること
DATA & CONTEXT
全国の医療法人数は 58,902法人(2024年3月、前年比+897)。病院数は 8,060施設(うち医療法人運営5,634施設、病床数829,040床、2024年)に達し、地域医療の中核を担っています。複数院運営・病院・有床診療所を抱える医療法人は、株式会社のM&Aとは全く別の手続き体系で承継を進める必要があります。
持分あり医療法人は 約62.5%(持分なしは37.5%、2024年6月時点)。2007年の医療法改正以降に新設された法人は持分なしですが、それ以前の経過措置型法人は今も多数残存します。出資持分の評価・移転・課税の論点を整理しないまま代替わりを迎えると、相続税・贈与税の課税リスクが顕在化します。認定医療法人制度(持分あり→なし移行、令和8年12月31日期限)の活用判断も含め、税理士・弁護士との連携が不可欠です。
2024年の医療機関倒産は 64件で過去20年最多、休廃業・解散は 722件で過去最多、合計786件に達しました。診療所医師の平均年齢は 60.4歳、70歳以上が 23.0%を占めます。後継者不在率は医療業 61.8%と全業種平均(52.1%)を9.7ポイント上回り、全業種中3位の高水準です。「医師にしか継げない」という前提が、引退時期の判断を遅らせる構造的要因となっています。
医療法人グループによる多院化、ヘルスケアファンドの本格参入により、複数院・病院クラスの医療法人を承継する受け手が育ってきました。事業承継・引継ぎ支援センター(公的機関)の成約件数も2023年度に 2,132件で過去最多を記録。「親族にしか渡せない」という時代は終わりつつあり、地域医療を継承する若手医師理事長、グループ系医療法人、ヘルスケアファンド出資の医療グループという「受け手の多層化」が進んでいます。
承継スキームの
3類型と特徴
SCHEME COMPARISON
医療法人の設立時期と形態によって、選択できる承継スキームが大きく異なります。持分あり経過措置型では「出資持分譲渡」、持分なしでは「社員変更+役員交代」、複数院統合では「合併(医療法57条)」が主な手法です。法人格が継続するため保険医療機関コードは原則維持されますが、理事長要件・社員総会決議・都道府県認可の各論点を同時並行で動かす必要があります。
| 医療法人の形態 | M&Aスキーム | 特徴 |
|---|---|---|
| 持分あり医療法人 (2007年以前設立/経過措置型) |
出資持分譲渡 (主流) |
覚書→持分譲渡契約→持分移転→臨時社員総会で社員変更決議→臨時社員総会で理事変更決議→臨時理事会で理事長変更決議。経営権(議決権)は社員総会での社員交代手続きが別途必要。法人格継続のため保険医療機関コードも維持される。 |
| 持分なし医療法人 (2007年以降の新設/基金拠出型) |
社員変更+ 理事長・役員交代 |
持分譲渡は不可。社員変更+役員変更で所有権・経営権を移転。対価は退職金として支払う設計が一般的(退職所得課税)。基金拠出型は基金返還・再拠出を組み合わせる。 |
| 医療法人グループ統合 | 合併 (吸収合併・新設合併) |
複数院を持つ医療法人グループの統合に活用。都道府県知事の認可が前提となる(医療法57条)。地域医療構想調整会議との事前調整も必要。 |
医療法第46条の6第1項により、医療法人の理事長は 医師または歯科医師であることが原則とされています(都道府県知事の認可を得れば例外あり)。このため、医療法人の買い手は医師・歯科医師個人、または医師を理事長に擁する医療法人グループ、ヘルスケアファンド出資の医療グループに限定されます。買い手探索の段階でこの要件を踏まえた絞り込みが必要となります。承継後の理事長候補(後継者の医師資格取得待ち期間)の暫定理事長設計も、案件設計の重要な論点です。
行政手続きの実務
「定款変更認可」と
「保険医療機関指定」を
どう扱うか
REGULATORY PRACTICE
医療法人M&Aの最大の論点は、都道府県知事による定款変更認可(医療法46条の6・47条)と、保険医療機関の変更届(厚生局:健康保険法65条)の取扱いです。理事長変更・社員変更・役員変更の各決議、認可・届出・登記を時系列で並走管理する必要があり、タイミングを誤ると診療報酬請求に支障が出ます。
(医療法46条の6・47条)
(健康保険法第65条)
(一般法人法準用)
持分あり医療法人では、社員変更(議決権の移転)と出資持分譲渡(財産権の移転)が別建ての手続きとなる点が、株式会社M&Aとの最大の差異です。両者を時系列で整合させる設計が、承継成否を分けます。
(医療法施行規則)
X線装置・化学療法室・手術室等の構造設備に変更がある場合は、構造設備使用許可の再申請も同時並行で進めます。当社では行政書士・社会保険労務士と連携し、開示資料一式とスケジュール表を最初に提示します。
(医療法第30条の14)
2040年新地域医療構想(令和6年末取りまとめ)への移行も視野に、中長期視点での機能再編を承継スキームに組み込みます。承継対価の算定にも影響する論点であり、初期相談時から並走で整理します。
買い手側も医師確保を前提に評価額を提示するため、常勤医の継続意思確認・労働条件の擦り合わせを契約締結前後に慎重に設計します。スタッフへの開示タイミング、退職金・有給休暇・勤続年数の引継条件は、社会保険労務士と連携して整備します。
「廃業」と「承継」の
収支比較
CLOSURE vs SUCCESSION
病院・複数院運営の医療法人を廃業する場合のコストは、個人診療所とは桁が異なります。比較すべきは、第三者承継の対価ではなく、廃業した場合の累積支出です。医療機関の廃業には、医療廃棄物処分・医療機器撤去・建物原状回復等で多額の費用が掛かります。規模により大きく異なるため、専門家にご相談ください(出典 1、出典 2)。
5,000万〜1億5,000万円規模
事業価値の一部に含まれる
数百万〜数千万円規模が発生
営業権・事業価値として評価対象
数千万〜1億円超の支出
退職金支出は発生しない(または承継)
カルテ5年間保管義務が継続
地域医療を絶やさない選択
多額の支出が発生する場合があります(規模により異なります)
地域医療継続を両立できます
※上記は典型的な傾向の整理であり、個別事例の数値は病床数・診療科・収益性・建物所有形態・スタッフ構成・出資持分の有無等により大きく変動します。当社では、初期相談時に 廃業シナリオと承継シナリオの収支比較を整理し、判断材料をご提供します。最終的な税務処理の確定は、医療専門の税理士・公認会計士にご確認ください。
多くの理事長先生が「医師にしか継げないし、地域に若い医師はいない」とおっしゃいます。しかし、近年は 医療法人グループによる多院化、ヘルスケアファンド出資の医療グループ、独立志望の若手医師と、受け手の多層化が進んでいます。新規開業の初期投資(病院クラスで数億〜十数億円規模)と比べ、稼働中の医療法人を承継するメリットは極めて大きく、診療圏に対して受け手が確実にいるか、まずは無料相談で確かめていただくことをお勧めします。
業界団体と連携先のマップ
INDUSTRY ASSOCIATIONS
- :医師の職能団体・医療政策への提言機関
- :医療法人の利益代弁・経営サポート
- :病院経営の課題解決・政策提言
保険の選び方と引継ぎ論点
INSURANCE
- :医療事故による患者賠償請求/引受 東京海上日動・日本医師会共済 等
- :医療機関全体の患者事故・施設管理責任
医療法人・クリニックM&Aの注意点
医療法人・クリニックのM&A・事業承継には、許認可承継・専門資格者の確保・運営基準充足・契約上の地位移転など、業種固有の注意点があります。実務上もっとも問題になりやすいポイントを整理しました。
-
1
持分あり医療法人vs持分なし医療法人の評価・課税構造の相違
平成19年4月以降設立の持分なし医療法人では出資持分が法的に存在しないため、時価純資産評価+のれん評価の枠組みが機能しません。持分あり医療法人の場合、出資者の払戻請求権や解散時残余財産分配権が相続税評価対象となる一方、持分なし医療法人では法人内蓄積利益が個人資産と見なされないため評価額が大きく異なります。スキーム選択時に税理士確認が必須です。
-
2
保険医療機関指定の地理的制約と遡及指定リスク
移転先が移転元から直線距離2km以内の場合のみ遡及指定が受けられます。2km超過時は遡及不可となり、移転後初月は保険診療ができない「開設扱い」となり患者継続性に直結する売上損失が生じます。クロージング日程決定時に必ず事前確認し、遡及期限(前月10日前後締め切り)までに申請手続きを完了させる必要があります。
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3
保険医・保険薬剤師の指定取得と契約上の地位移転
医療法人化やM&A後、個別の保険医指定申請が必要となります。既存院長の指定を承継した新院長が引き継げず、厚生局への変更届提出から再指定までに約1ヶ月を要します。その間、患者のレセプト請求に支障が生じるため、契約上は保険医指定完了までを引き継ぎ条件に組み込む必要があります。
-
4
認定医療法人制度の活用(令和11年12月期限)
持分あり医療法人から持分なし医療法人への移行を計画する場合、期限(令和11年12月末)までに厚労省認定を受け、認定後5年以内に移行を完了すると、持分放棄時の贈与税課税が回避できます。相続税対策として有効ですが、認定申請~移行完了までの時間軸が限定的です。
-
5
職員の配置基準継続と雇用契約の移転リスク
医療法上の診療科ごと医師配置基準、看護職員配置基準の維持がM&A後も継続されることを契約で確認する必要があります。M&A交渉段階で既存職員の雇用継続意思確認が不十分な場合、開設許可更新時に基準未充足となり業務停止リスクが生じます。
-
6
MS法人活用による間接的対価設計の可否検討
持分なし医療法人では直接的な持分譲渡ができないため、医療法人と関連する医療サービス提供会社(MS法人)の株式譲渡を組み合わせて対価を構成することが実務的選択肢となります。ただし過度な利益流出は税務リスクとなるため、事前に税理士と法務的妥当性を協議する必要があります。
-
7
開設許可の更新申請タイミング(有効期限6年)
医療法に基づく開設許可は6年ごとの更新が必須です。M&A完了後の更新タイミングが契約前後のいずれに該当するかで、新運営者が申請主体となるか旧運営者が継続申請するかが変わります。クロージング日程と更新期限の整合を事前確認し、手続き負担と費用を明確化する必要があります。
※上記は医療法人・クリニックM&Aで実務上問題になりやすい論点を整理したものです。個別案件では他にも検討すべき事項がございます。一次相談は無料でお受けしておりますのでお気軽にご相談ください。
よくあるご質問 ― 医療法人 M&A・事業承継
FREQUENTLY ASKED QUESTIONS
Q1. 売却価格相場は?(病院・診療所別)
Q2. 持分なし医療法人への移行メリット?
相続税・贈与税が発生しない。
親族内承継が税制面で有利。ただし認定医療法人制度の期限は 2029 年末
Q3. 出資持分払戻請求への対応は?
持分あり医療法人では既得権。
払戻金を現金で捻出するか、新体制で段階支払い契約を結ぶ。弁護士・税理士の相談必須(業法注意)
Q4. 院長後継者の確保方法?
親族内/第三者継承いずれも医師資格・保険医登録が必須。
第三者の場合は経営理念・スタッフとの相性確認が重要
Q5. 保険医療機関指定の継続は?
M&A 後も既存指定が承継される場合が多いが、管理者変更・経営主体変更で都道府県厚生局に届出・承認申請が必須。
指定失効のリスクあり
Q6. 医師・看護師の継続雇用確保は?
M&A の成功は既存医療スタッフの継続が鍵。
給与・労働条件の維持契約、院長の人柄・経営方針の説明が重要
Q7. カルテの引継手続きは?
個人情報保護法の医療情報特例に基づき、患者同意 or 保護委員会協力通知で承継可。
電子カルテシステムの切替も同時に必要
Q8. 都道府県認可手続きの流れは?
医療法人の合併・分割では保健所(都道府県)の認可が必須。
書類作成~認可取得に 2~3 ヶ月。定款・資金移動・理事会決議を準備
Q9. 競業避止条項(医療法上の制限)は?
理事の現職中は利益相反取引の承認義務。
退任後は法定競業避止義務なし。ただし信義則上、明らかに同じエリア・科目で新院開設すれば問題になる可能性
Q10. 表明保証で確認すべき項目は?
①医師資格・保険医登録の有効性 ②医療事故・訴訟履歴 ③保険診療指定の状況 ④医療機器・建物の権利 ⑤医療スタッフの雇用契約 ⑥カルテ・医療記録の完全性
①医師資格・保険医登録の有効性 ②医療事故・訴訟履歴 ③保険診療指定の状況 ④医療機器・建物の権利 ⑤医療スタッフの雇用契約 ⑥カルテ・医療記録の完全性
※本ページは一般的な情報提供を目的としています。個別具体的な税務・法務・労務のご判断は、必ず顧問税理士・公認会計士・弁護士・社会保険労務士等の専門家にご確認ください。
よくあるご質問(奈良県 医療法人 M&A)
奈良県の医療法人・クリニック M&A の相場観は?
医療法人の売却価格について、複数の M&A 仲介会社からは「出資持分譲渡または事業譲渡で個別評価(営業権・固定資産・許認可で大きく変動)」等の算定方式が述べられております(出典 1、出典 2)。ただし売却価格は、年商・資産・企業規模・実績・従業員数・取引先構成等の複数要因で個別に決定されます。M&A 業界に明確な相場は存在せず、最終的には買い手との交渉で確定するため、当社では無料相談にて個別案件ごとの試算をご提案いたします。
奈良県内の M&A 相場観は?
医療法人の売却価格について、複数の M&A 仲介会社からは「出資持分譲渡または事業譲渡で個別評価(営業権・固定資産・許認可で大きく変動)」等の算定方式が述べられております(出典 1、出典 2)。ただし売却価格は、年商・資産・企業規模・実績・従業員数・取引先構成等の複数要因で個別に決定されます。M&A 業界に明確な相場は存在せず、最終的には買い手との交渉で確定するため、当社では無料相談にて個別案件ごとの試算をご提案いたします。
保険医療機関指定は M&A でどう承継されますか?
株式譲渡の場合は法人格が維持されるため、保険医療機関指定は原則継続します。事業譲渡・会社分割の場合は、承継スキームにより取扱いが異なり、承継側の新規取得や届出・再審査が必要な場合があります。案件ごとの個別設計にて対応いたします。
事業承継・引継ぎ支援センター(奈良県)との併用はできますか?
可能です。奈良県事業承継・引継ぎ支援センターへの登録・相談は公的支援の枠組みとして有効で、弊社は民間 M&A 仲介としての設計・マッチング・クロージング支援を並行して行う形で多数の実績があります。
追加 Q&A:医療法人 の補足論点
医療機関の M&A は、通常の医療法人 M&A と何が違うのか?
医療法人の後継者不在で困っています、どこから動けば良いか?
医療法人の廃業を検討していますが、M&A の選択肢はあるのか?
医療法人の許認可は、M&A でそのまま引き継げるのか?
医療法人の M&A で、買い手はどのように見つかるのか?
広域エリアの動向・全国版はこちら

奈良県 医療法人 M&A のご相談
初回相談無料 / 秘密厳守 / 完全成功報酬制
お問い合わせフォーム →奈良県の病院 データベース
奈良県の病院の全業者一覧・統計データを公開しています。 出典:公的オープンデータ(厚生労働省 / 国土交通省 / 都道府県名簿等)。 M&A・事業承継検討時の参考データとしてご利用ください。
奈良県の病院 一覧を見る →奈良県の他業種 M&A 動向
同じ奈良県内でどのような M&A 動向があるかは、売り手オーナー様にとっても買い手にとっても重要な地域情報です。他業種の地域特化ページもご参照ください。
関連業種 → 美容室・サロン
奈良県 美容室・サロン M&A・事業譲渡
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関連業種 → 美容外科・美容クリニック
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関連業種 → 物流・運送業
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奈良県 人材派遣業 M&A・事業譲渡
派遣許可・マージン率・派遣元責任者
関連業種 → 印刷業
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設備老朽化・受注先依存・印刷需要構造変化
関連業種 → 飲食業
奈良県 飲食業 M&A・事業譲渡
店舗網・人件費高騰・営業権譲渡
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奈良県 自動車整備工場 M&A・事業譲渡
指定整備工場・整備士確保・EV対応
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奈良県 人材紹介業 M&A・事業譲渡
職業紹介許可・データベース・ハイクラス
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奈良県 介護事業 M&A・事業譲渡
介護保険指定・常勤換算・処遇改善加算
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奈良県 警備業 M&A・事業譲渡
警備業認定・指導教育責任者・常駐契約
関連業種 → 建設業
奈良県 建設業 M&A・事業譲渡
建設業許可承継・経営事項審査・公共工事
関連業種 → 小売業
奈良県 小売業 M&A・事業譲渡
EC化・店舗数・後継者不在率
関連業種 → 学習塾・スクール
奈良県 学習塾・スクール M&A・事業譲渡
生徒数・教室網・少子化対応
関連業種 → 農業法人
奈良県 農業法人 M&A・事業譲渡
農地法・農地所有適格法人・スマート農業
関連業種 → リフォーム業
奈良県 リフォーム業 M&A・事業譲渡
建設業許可・自社施工率・営業エリア
関連業種 → 旅館・ホテル
奈良県 旅館・ホテル M&A・事業譲渡
旅館業法・客室稼働率・インバウンド
関連業種 → 製造業・町工場
奈良県 製造業・町工場 M&A・事業譲渡
設備承継・取引先・技能伝承
関連業種 → 食品製造業
奈良県 食品製造業 M&A・事業譲渡
HACCP対応・OEM・流通網
関連業種 → 葬儀社・葬祭業
奈良県 葬儀社・葬祭業 M&A・事業譲渡
会員制度・式場数・地域シェア
関連業種 → 宅建業
奈良県 宅建業 M&A・事業譲渡
宅建業免許・専任宅建士・管理戸数
関連業種 → 調剤薬局
奈良県 調剤薬局 M&A・事業譲渡
保険薬局指定・処方箋枚数・面分業
近隣地域の医療法人 M&A 動向
奈良県近隣で同業種の M&A・事業承継案件もご検討の場合は、以下の地域別ページもご参照ください。地理的な近接性により、人材や取引先のネットワークが活かしやすい組合せです。
監修・執筆
五十嵐 悠一(株式会社日本財務戦略センター 代表取締役)
損害保険ジャパン本店営業部(企業リスク・法務)→ 東証上場M&A仲介会社で多数の成約 → 2020年 日本財務戦略センター 創業
→ 代表挨拶・経歴詳細
登録・所属
中小企業庁 M&A 支援機関登録事業者 / 一般社団法人 M&A 支援機関協会 正会員 / 中小 M&A ガイドライン第 3 版 遵守宣言済
公開・更新
公開日:2026 年 4 月 24 日 / 最終更新:2026 年 4 月 24 日
免責事項
本ページに記載する統計データは、各一次ソースの公開時点の数値を引用しており、最新値と差異が生じる可能性があります。 本ページは一般的な情報提供を目的としています。個別具体的な税務・法務・労務のご判断は、必ず顧問税理士・公認会計士・弁護士・社会保険労務士等の専門家にご確認ください。
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