一人で抱え込む必要はありません。
法人を守り、患者を守り、
スタッフを守り、先生の次の人生を設計する。
出資持分の評価・理事長交代・
保険医療機関指定の変更、
そして地域医療構想との整合まで。
都道府県知事認可・厚生局届出・
法務局登記を一体で設計し、
承継後の混乱を未然に防ぎます。
DATA & CONTEXT
SCHEME COMPARISON
医療法人の設立時期と形態によって、選択できる承継スキームが大きく異なります。持分あり経過措置型では「出資持分譲渡」、持分なしでは「社員変更＋役員交代」、複数院統合では「合併（医療法57条）」が主な手法です。法人格が継続するため保険医療機関コードは原則維持されますが、理事長要件・社員総会決議・都道府県認可の各論点を同時並行で動かす必要があります。
| 医療法人の形態 | M&Aスキーム | 特徴 |
|---|---|---|
| 持分あり医療法人 （2007年以前設立／経過措置型） |
出資持分譲渡 （主流） |
覚書→持分譲渡契約→持分移転→臨時社員総会で社員変更決議→臨時社員総会で理事変更決議→臨時理事会で理事長変更決議。経営権（議決権）は社員総会での社員交代手続きが別途必要。法人格継続のため保険医療機関コードも維持される。 |
| 持分なし医療法人 （2007年以降の新設／基金拠出型） |
社員変更＋ 理事長・役員交代 |
持分譲渡は不可。社員変更＋役員変更で所有権・経営権を移転。対価は退職金として支払う設計が一般的（退職所得課税）。基金拠出型は基金返還・再拠出を組み合わせる。 |
| 医療法人グループ統合 | 合併 （吸収合併・新設合併） |
複数院を持つ医療法人グループの統合に活用。都道府県知事の認可が前提となる（医療法57条）。地域医療構想調整会議との事前調整も必要。 |
REGULATORY PRACTICE
医療法人M&Aの最大の論点は、都道府県知事による定款変更認可（医療法46条の6・47条）と、保険医療機関の変更届（厚生局：健康保険法65条）の取扱いです。理事長変更・社員変更・役員変更の各決議、認可・届出・登記を時系列で並走管理する必要があり、タイミングを誤ると診療報酬請求に支障が出ます。
CLOSURE vs SUCCESSION
病院・複数院運営の医療法人を廃業する場合のコストは、個人診療所とは桁が異なります。比較すべきは、第三者承継の対価ではなく、廃業した場合の累積支出です。50〜100床クラスの病院では、廃業コストだけで 1億〜3億円超に達する場合があります。
※上記は典型的な傾向の整理であり、個別事例の数値は病床数・診療科・収益性・建物所有形態・スタッフ構成・出資持分の有無等により大きく変動します。当社では、初期相談時に 廃業シナリオと承継シナリオの収支比較を整理し、判断材料をご提供します。最終的な税務処理の確定は、医療専門の税理士・公認会計士にご確認ください。
MESSAGE
CASE STUDIES
内科系（循環器・消化器・呼吸器・腎臓・糖尿病等）／
外科系（一般外科・整形外科・脳神経外科・心臓血管外科）／
産婦人科／小児科／精神科／
回復期リハビリテーション病棟／地域包括ケア病棟／
療養病棟／有床診療所／在宅療養支援病院
※各事例の譲渡対価・スキーム概要は概算・参考値です。
弊社の成約実績および業界の平均的な成約条件を参考にしており、
実際の対価は出資持分の有無、BS/PL（貸借対照表・損益計算書）、
診療科・病床数・地域医療構想区分・
常勤医師確保状況など、個別要因により変動します。
FOUR PILLARS
壱
時価純資産＋のれん評価を軸に、持分あり医療法人の出資持分評価を最大化する設計を行います。認定医療法人制度（令和8年12月31日期限）の活用判断、退職金スキームとの組み合わせも含め、医療専門の税理士・公認会計士と連携して整理します。
弐
複数院体制を維持するための常勤医確保、施設基準の継続要件充足、看護師・コメディカルの労働条件擦り合わせ。買い手側の医師確保前提と、現体制の継続意思を擦り合わせ、社会保険労務士と連携して引継ぎを設計します。
RECENT TRENDS
監修・執筆
五十嵐 悠一（株式会社日本財務戦略センター 代表取締役）
損害保険ジャパン本店営業部を経て、東証上場 M&A 仲介会社で多数の成約に従事。2020 年 5 月に株式会社日本財務戦略センターを創業。日本 CFO 協会認定プロフェッショナル CFO。
→ 代表挨拶・経歴詳細
登録・所属
中小企業庁 M&A 支援機関登録事業者／一般社団法人 M&A 支援機関協会 正会員／中小 M&A ガイドライン第 3 版 遵守
公開・更新
公開日：2026 年 4 月 24 日 ／ 最終更新：2026 年 4 月 24 日
医療法人・クリニックのM&A・事業承継には、許認可承継・専門資格者の確保・運営基準充足・契約上の地位移転など、業種固有の注意点があります。実務上もっとも問題になりやすいポイントを整理しました。
平成19年4月以降設立の持分なし医療法人では出資持分が法的に存在しないため、時価純資産評価+のれん評価の枠組みが機能しません。持分あり医療法人の場合、出資者の払戻請求権や解散時残余財産分配権が相続税評価対象となる一方、持分なし医療法人では法人内蓄積利益が個人資産と見なされないため評価額が大きく異なります。スキーム選択時に税理士確認が必須です。
移転先が移転元から直線距離2km以内の場合のみ遡及指定が受けられます。2km超過時は遡及不可となり、移転後初月は保険診療ができない「開設扱い」となり患者継続性に直結する売上損失が生じます。クロージング日程決定時に必ず事前確認し、遡及期限（前月10日前後締め切り）までに申請手続きを完了させる必要があります。
医療法人化やM&A後、個別の保険医指定申請が必要となります。既存院長の指定を承継した新院長が引き継げず、厚生局への変更届提出から再指定までに約1ヶ月を要します。その間、患者のレセプト請求に支障が生じるため、契約上は保険医指定完了までを引き継ぎ条件に組み込む必要があります。
持分あり医療法人から持分なし医療法人への移行を計画する場合、期限（令和11年12月末）までに厚労省認定を受け、認定後5年以内に移行を完了すると、持分放棄時の贈与税課税が回避できます。相続税対策として有効ですが、認定申請～移行完了までの時間軸が限定的です。
医療法上の診療科ごと医師配置基準、看護職員配置基準の維持がM&A後も継続されることを契約で確認する必要があります。M&A交渉段階で既存職員の雇用継続意思確認が不十分な場合、開設許可更新時に基準未充足となり業務停止リスクが生じます。
持分なし医療法人では直接的な持分譲渡ができないため、医療法人と関連する医療サービス提供会社（MS法人）の株式譲渡を組み合わせて対価を構成することが実務的選択肢となります。ただし過度な利益流出は税務リスクとなるため、事前に税理士と法務的妥当性を協議する必要があります。
医療法に基づく開設許可は6年ごとの更新が必須です。M&A完了後の更新タイミングが契約前後のいずれに該当するかで、新運営者が申請主体となるか旧運営者が継続申請するかが変わります。クロージング日程と更新期限の整合を事前確認し、手続き負担と費用を明確化する必要があります。
※上記は医療法人・クリニックM&Aで実務上問題になりやすい論点を整理したものです。個別案件では他にも検討すべき事項がございます。一次相談は無料でお受けしておりますのでお気軽にご相談ください。
