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調剤薬局 M&A・事業譲渡

中小調剤薬局オーナー・薬剤師の
後継者難倒産が、
過去最多水準。

調剤薬局(薬機法・保険薬局)(薬局・保険薬局・地域薬局)の事業承継・M&A・事業承継対策に特化。
薬剤師管理・調剤報酬・処方箋応需・備蓄医薬品まで、実務目線で設計します。

※ 中小企業の後継者不在率は約 50.1%(帝国データバンク2024年調査)。うち 調剤薬局領域でも、後継者不在を理由とする廃業・倒産が増加傾向。人件費高騰と需要構造変化が、廃業判断を加速させています。

長年積み上げた調剤薬局の技術と、
従業員と、顧客の信頼を、
畳まずに渡す方法があります。

まずはご相談、無料で

秘密厳守・完全成功報酬制
株式会社日本財務戦略センター

concern_1_age

開局して、もう三十年。
気がつけば、自分が患者さんと同じ年代になっていた。
白衣を脱ぐ日を、考え始めている。

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長年通ってくださっている患者さんの薬歴を見るたびに考える。
この方たちの服薬指導を、誰に引き継げばいいのか。

concern_3_successor

うちは向かいのクリニックの処方箋に支えられてきた。
先生がリタイアされる前に、
こちらも次の手を考えなければならない。

concern_4_customer

薬剤師も、事務員も、もう十数年いてくれている。
閉局したら、彼らの生活はどうなるのか。
退職金の積立は、足りているのだろうか。

concern_5_courage

地域に根を下ろし、一人ひとりの薬歴を見てきた。
シャッターを下ろすだけが、終わり方ではない。
託すという選択肢を、知っておきたい。

一人で抱え込む必要はありません。
薬局を守り、患者を守り、
スタッフを守り、先生の次の人生を設計する。

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保険薬局指定・管理薬剤師・麻薬小売業者免許、
そして患者さんへの継続調剤まで。

保健所・厚生局への届出
買い手との事前調整を一体で設計し、
処方箋の切れ目なき承継を実現します。

いま、調剤薬局に
起きていること

DATA & CONTEXT

市場の規模感
全国の薬局数は 63,203件(令和6年度衛生行政報告例、前年比+375件)。人口10万人当たり 51.1件と、コンビニエンスストア(約56,000店)を上回る規模で、地域医療の最前線を担っています。上位10社の売上シェアは 13.9%・店舗数シェア7.9%にとどまり、市場の 約86%は中小・独立系の薬局です。
薬局経営者の高齢化
医薬品小売事業者の代表者のうち 60歳以上が62.2%を占めています(帝国データバンク調査)。後継者不在率は医療業全体で 61.8%(2024年)と高水準で推移しており、引退時期の判断が一斉に重なる「薬局2025年問題」の渦中にあります。
倒産・廃業が過去最多水準
2025年度の調剤薬局の倒産は 30件で2000年度以降過去最多に達しました。医薬品小売業全体では倒産 34件・負債総額143億円(10年で最大)と報告されています。後発医薬品の供給不安、調剤報酬改定による収益圧迫、人件費高騰が複合的に経営を直撃しています。
第三者承継は確立されつつある選択肢
薬局M&Aの年間成約件数は 約200件規模で推移し、バトンズ単独でも 調剤薬局案件748件(2026年4月時点)が登録されています。アインHD×クラフト買収(5,500億円)、ウエルシア・ツルハ連合(4,000億円)、日本調剤TOB等、大手チェーンによる多店舗化M&Aが活発化し、「中小独立系薬局には買い手がつかない」時代は終わりつつあります。

承継スキームの
2類型と特徴

SCHEME COMPARISON

薬局の法人形態と店舗数によって、選択できる承継スキームが大きく異なります。個人開設の薬局では「事業譲渡」が原則となり、保険薬局指定が新規申請扱いとなる点が最大の論点です。早い段階で形態を整理しておくことが、選択肢の幅を広げます。

薬局の形態 M&Aスキーム 特徴
法人開設・複数店舗
(株式会社・有限会社)
株式譲渡
(推奨)
保険薬局指定・薬局開設許可・麻薬小売業者免許・各種許認可がそのまま引き継がれる。処方箋の切れ目なし。レセプト連続性も維持。
個人開設の薬局
(最も多い形態)
事業譲渡
(一択)
調剤機器・什器・薬歴・賃貸借契約等を個別承継。保険薬局指定・薬局開設許可・麻薬免許は新規取得が必要。遡及申請で保険収入の空白を最小化する設計が肝。
法人開設・1店舗のみ
(小規模法人)
株式譲渡
または事業譲渡
偶発債務(過去の調剤過誤・税務)の有無で判断。クリーンな法人なら株式譲渡で許認可ごと引継ぎ。簿外債務懸念があれば事業譲渡。
株式譲渡が圧倒的に有利な理由
保険薬局指定(健康保険法第65条)は開設者に対する指定であり、開設者である法人の株主が変わっても 指定そのものは継続します。麻薬小売業者免許も同様に法人継続のため再申請不要です。事業譲渡では これらすべてを廃止+新規取得する必要があり、行政手続きの工数と保険収入空白リスクが大きく異なります。法人化されている薬局では、株式譲渡を第一選択肢として検討します。
M&A前に法人化するか否か
個人開設の薬局をM&A前に法人化することで、株式譲渡という選択肢が生まれます。ただし、法人設立から保険薬局指定の名義変更まで 3〜6か月程度を要します。承継時期が急がれる場合は個人事業のまま事業譲渡を選択し、遡及申請で保険収入空白を最小化するケースが多く、ご相談時の所得規模・承継希望時期・買い手候補の意向を踏まえて判断します。最終的な税務・法務判断は、税理士弁護士等の専門家、および当社にご相談ください。

行政手続きの実務
「保険薬局指定」を
どう扱うか

REGULATORY PRACTICE

調剤薬局M&Aの最大の論点は、保険薬局指定(厚生局)と薬局開設許可保健所)と麻薬小売業者免許(都道府県)の取扱いです。個人開設の事業譲渡では、これらは原則として 「廃止+新規取得」 となります。処方箋応需の継続を確保するため、行政との事前調整を綿密に行うことが、承継成否を分けます。

①保険薬局指定
健康保険法第65条)
所管:地方厚生局
保険薬局の指定は、健康保険法第65条に基づき開設者に対して行われます。事業譲渡による開設者変更により、旧開設者の指定は失効し、新開設者は新規申請が必要です。

ただし、患者の継続調剤を確保する目的で、廃止届と新規申請を同日付で提出し、地方厚生局に事前相談したうえで 「遡及指定」の取扱いを受けられる場合があります。これにより、保険調剤の空白期間を作らずに承継できる可能性が高まります。事前相談は承継予定日の 2〜3か月前から開始するのが実務上の目安です。指定〜交付まで通常 申請から約1か月を要します。
②薬局開設許可
医薬品医療機器等法第4条)
所管:保健所(都道府県知事)
薬局を開設するには、医薬品医療機器等法第4条により 都道府県知事(保健所設置市の市長)の許可が必要です。事業譲渡では、旧開設者の 薬局廃止届と新開設者の 薬局開設許可申請を計画的に提出します。

構造設備基準(調剤室6.6㎡以上、待合室、無菌調剤室の有無等)は、新開設者の名義で再度確認を受けます。設備に変更がある場合は構造設備使用許可も必要となります。
③管理薬剤師の選任
医薬品医療機器等法第7条)
所管:保健所
薬局開設者は、医薬品医療機器等法第7条により、薬剤師である 管理薬剤師を実地で管理させなければなりません。承継後も同じ管理薬剤師が継続するか、新たに選任するかにより、選任届の提出が必要です。

管理薬剤師の継続雇用条件交渉は、薬局承継の最大の論点の一つです。管理薬剤師が交代する場合、調剤報酬の各種加算(地域支援体制加算、後発医薬品調剤体制加算等)の算定要件を満たすかの再確認が必要となり、収益への影響を事前に評価します。
④麻薬小売業者免許
麻薬及び向精神薬取締法
所管:都道府県知事
麻薬小売業者免許は、麻薬及び向精神薬取締法に基づき開設者に対して付与されます。事業譲渡では旧開設者の 麻薬小売業者免許廃止届と新開設者の 麻薬小売業者免許申請が必要です。

在庫の麻薬は原則として譲渡できず、麻薬卸売業者への返納または都道府県の麻薬取締員立会いのもとでの廃棄手続きが必要となります。承継時期の在庫を計画的に圧縮する設計を、引継ぎ計画に組み込みます。毒物劇物販売業登録も同様に廃止+新規申請が必要です。
⑤薬歴・処方箋の承継
薬剤師法第28条・薬機法)
保管義務と継続調剤の慣行
薬剤師法第28条により 調剤録は3年間、薬機法施行規則により 処方箋は3年間の保存義務があります。事業承継に伴う薬歴・調剤録の引継については、事業承継の慣行として、患者の個別同意なしに引き継げるとの実務運用が一般的です(個人情報保護法第27条第5項第2号の整理)。

望ましい運用としては、承継案内の店内掲示・処方箋元医療機関への通知・希望者への情報提供停止の機会付与を行い、透明性を確保します。これにより、過去の服薬指導・残薬調整の連続性を保つことができます。
⑥調剤報酬請求・レセプト連続性
社会保険診療報酬支払基金・国保連合会との調整
開設者変更により、保険薬局コード(点数表コード)は新規付番となります。これに伴い、レセプト処理(社保・国保・後期)の切替、レセコンの設定変更、施設基準届出の整理、自立支援医療・生活保護指定の再申請などが連鎖的に発生します。

レセプト返戻の発生を最小化するため、承継月の請求は売主期間と買主期間で分割して提出する設計が望ましく、当社では実務をスキーム策定段階から組み込みます。スタッフ(薬剤師・事務員)の労働契約は事業譲渡では自動承継されないため、個別同意による継続雇用を最優先で交渉します。
当社の役割
上記の手続きは、保健所・厚生局・都道府県(麻薬・毒劇物)・支払基金・国保連・税務署・年金事務所等、複数の窓口に分かれます。当社は、これらの届出スケジュールを 承継契約・引継ぎ計画と一体で設計し、薬剤師・税理士弁護士行政書士・社会保険労務士等の専門家と連携してサポートします。先生は調剤を続けながら、安心して引継ぎを進めることができます。

「廃局」と「承継」の
収支比較

CLOSURE vs SUCCESSION

引退を考え始めた先生から最初によく頂くご質問は「そもそもうちの薬局に値段がつくのか」というものです。比較すべきは、第三者承継の対価ではなく、廃局した場合のコストです。廃局は「ゼロ」ではなく、通常はマイナスから始まる選択肢になります。

廃局シナリオ vs 第三者承継シナリオ(参考概算・案件ごとに変動)
廃局の場合(支出側)
承継の場合(受取側)
医薬品在庫
同左
廃棄損が数百万円規模で発生する場合あり
(年間平均廃棄損約20万円、廃局時集中)
麻薬は保健所監督下で廃棄
在庫評価額として承継対価に算入
麻薬以外の医薬品は買い手が継続使用
調剤機器・什器
同左
調剤ロボット・分包機・冷蔵庫等の
廃棄処分費が数十万〜百万円超
営業権・事業価値の一部として評価
承継対価に含まれる可能性
内装・テナント原状回復
同左
調剤室・無菌室等の特殊設備撤去で
数百万円規模となる場合あり
原状回復不要(テナント承継または
新開設者が継続使用)
薬剤師・スタッフ退職金
同左
勤続年数に応じて支出
長期勤務の薬剤師がいると相応の負担
雇用継続を交渉できる場合
退職金支出は発生しない(または承継)
処方箋元医療機関への影響
同左
門前薬局突然廃局で医療機関信頼毀損
地域の処方箋応需体制崩壊リスク
医療機関関係を断絶せず継承
処方箋応需継続で地域医療貢献
概算収支
同左
数百万円〜一千万円超のマイナス
になる場合があります
年間営業利益の3〜5倍水準で
プラスの対価を得られる可能性

※上記は典型的な傾向の整理であり、個別事例の数値は立地・処方箋枚数・客単価・収益性・テナント条件・スタッフ構成・地域支援体制加算の算定状況等により大きく変動します。当社では、初期相談時に 廃局シナリオと承継シナリオの収支比較を整理し、判断材料をご提供します。最終的な税務処理の確定は、顧問税理士公認会計士にご確認ください。

「価値がつかないのでは」という思い込み
多くの先生が「うちは小規模で処方箋枚数も少ないし、価値はつかないだろう」とおっしゃいます。しかし、独立志望の若手薬剤師、地域多店舗化を進める中堅薬局チェーン、ヘルスケアファンドにとっては、地域に根を下ろした既存の処方箋応需基盤、稼働中の調剤機器、訓練された薬剤師スタッフ、保険薬局指定そのものは、新規開局の初期投資(一般に3,000万円〜5,000万円規模)と比べて極めて魅力的な選択肢です。診療圏に対して受け手が確実にいるか、まずは無料相談で確かめていただくことをお勧めします。

代表からのメッセージ

MESSAGE

代表取締役 五十嵐 悠一
代表取締役
五十嵐 悠一
京都大学経済学部経営学科 卒業
日本CFO協会認定 プロフェッショナルCFO / M&Aエキスパート
損害保険ジャパン本店営業部(企業リスク・法務)
→ 東証上場M&A仲介会社で多数の成約を経験
→ 2020年5月 日本財務戦略センター創業
判断は、急がせた瞬間に歪む。

調剤薬局の承継は、調剤機器や調剤報酬請求の数字を超えて、患者さんとスタッフ、そしてご自身の人生を引き渡す行為です。

保険薬局指定の遡及申請、麻薬小売業者免許の移行、長年勤めてくれた薬剤師の雇用継続、処方箋元医療機関と地域の患者さんへの説明――。
仲介者には、医薬品医療機器等法健康保険法麻薬及び向精神薬取締法個人情報保護法を踏まえた行政手続きの設計と、買い手・売り手・スタッフ・処方元医療機関の各当事者間の調整が同時に求められます。

中小企業庁 M&A支援機関登録 事業者/M&A支援機関協会 正会員として、業界ガイドラインに則り、オーナー先生の利益を第一に考え、薬剤師・税理士弁護士行政書士・社会保険労務士等の専門家と連携して進めます。

まずはご相談だけでも。
代表の想いを詳しく読む →

成約事例

CASE STUDIES

CASE A
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個人開設・門前薬局1店舗
60代後半、年商9,000万円。
「廃局の費用を見積もったら、千数百万かかると言われた。」
譲渡対価:約3,500万円 + 半年の引継ぎ顧問
「処方箋元の先生にも、患者さんにも迷惑をかけずに託せた。」
CASE B
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法人開設・面分業型薬局3店舗
70代、年商3.2億円。
「薬剤師さん5人の雇用が、どうしても気がかりだった。」
株式譲渡対価:約1.2億円 + 全スタッフ雇用継続
保険薬局指定ごと引き継げて、
処方箋応需が一日も止まらなかった。」
CASE C
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法人開設・在宅対応薬局2店舗
60代、地域支援体制加算算定、在宅100名超。
「在宅特化で築いた地域連携を、終わらせたくなかった。」
株式譲渡対価:競争入札で高水準 + 顧問として継続
「在宅の患者さんにも、
居宅療養管理指導を絶やさず継続できた。」
以下の形態・特性の薬局のご相談もお気軽にお待ちしております

門前薬局/面分業型薬局/
かかりつけ薬局/健康サポート薬局/
在宅対応薬局/無菌調剤対応/
地域支援体制加算算定薬局/
地域連携薬局/専門医療機関連携薬局/
ドラッグストア併設調剤

関連業種のM&A特化ページ

クリニック・歯科医院医療法人(病院・複数院)介護・福祉

※各事例の譲渡対価は概算値です。弊社の成約実績および業界の
平均的な成約条件を参考にしており、実際の対価は
BS/PL(貸借対照表・損益計算書)、
処方箋枚数・客単価・テナント条件・
地域支援体制加算の算定状況・
調剤機器の状態など、
個別要因により変動します。

もっと事例を見る →

渡し方を設計する、
4つの柱

FOUR PILLARS

pillar_1_knowledge

許認可・行政手続きの
完全サポート

医薬品医療機器等法健康保険法麻薬及び向精神薬取締法の枠組みのもと、保険薬局指定の遡及申請、麻薬小売業者免許の移行、薬局開設許可の引継ぎといった薬局固有の論点を踏まえた、現実的な承継スキームを設計します。

pillar_2_strategy

管理薬剤師・スタッフ
雇用の継続設計

管理薬剤師の継続雇用条件交渉、薬剤師・事務員の労働契約承継、調剤報酬の各種加算(地域支援体制加算等)の算定要件維持を、買い手と事前に擦り合わせ。承継後の収益安定を確保します。

pillar_3_coordination

処方箋元医療機関・
患者への影響ゼロ

店内掲示・案内文・処方箋元医療機関への通知・スタッフ説明会のタイミングと内容を、買い手と事前に擦り合わせ。処方箋応需の切れ目なき承継を実現します。

pillar_4_no_fee

完全成功報酬
着手金ゼロ

成約時以外、ご負担はいただきません。最低手数料700万円で、譲渡対価1,000〜3,000万円帯の小規模薬局案件もご相談いただけます。ご判断の撤回は最後まで自由です。

ここまでお読みいただいた方へ
判断が固まっていない段階でも、ご相談だけでも構いません。
「自分の会社ならいくら?」「うちの段階で何ができる?」が気になる方は、お気軽にどうぞ。
無料相談・お問い合わせ →
まず企業価値をセルフ試算する →

直近の業界動向

RECENT TRENDS

2024年(令和6年)調剤報酬改定の影響
令和6年改定では かかりつけ薬剤師指導料の評価見直し、対物業務の縮小・対人業務の評価強化が進められました。地域支援体制加算の要件も厳格化され、24時間対応・在宅対応・麻薬調剤実績等のクリアが必要となり、1店舗規模の薬局では加算取得の難度が上がっています。
2026年(令和8年)改定と門前薬局減算
令和8年改定では 地域支援体制加算と医薬品供給対応体制加算の統合、門前薬局の立地依存に対する減算(15点)導入が議論されています(2026年6月新規開設対象)。処方箋集中率の高い門前薬局では、収益構造の見直しが急務となり、承継時期の判断にも影響します。
大手チェーン寡占の加速と多店舗化M&A
アインHDによるクラフト買収(5,500億円)、ウエルシア・ツルハ連合(4,000億円)、日本調剤を対象としたTOB等、大手チェーンによる多店舗化M&Aが活発化しています。中小独立系薬局には、大手チェーンの店舗網拡大、地域中堅薬局の面分業強化、ヘルスケアファンドの参入と、複数の受け手候補が存在します。
後発医薬品供給不安と在宅特化の二極化
後発医薬品の供給不安は 2026年3月分まで特例措置が継続されています。在庫管理の負担増で1店舗薬局の経営は厳しい一方、在宅対応・多剤調整・24時間対応に特化した小規模薬局はM&A市場で高評価を受けています。経営環境の変化を踏まえ、承継時期の判断は中長期視点で行うことが重要です。最新の改定内容については、日本薬剤師会、および当社にご確認ください。

エリアから調剤薬局・薬局の M&A・事業譲渡を探す

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調剤薬局 M&A の対象事業領域

調剤薬局の M&A は、立地形態(門前/医療モール/面分業)で承継論点が異なります。

保険薬局M&Aの注意点

保険薬局のM&A・事業承継には、許認可承継専門資格者の確保・運営基準充足・契約上の地位移転など、業種固有の注意点があります。実務上もっとも問題になりやすいポイントを整理しました。

  1. 1

    保険薬局指定の事業譲渡時における遡及申請と売上中断リスク

    個人経営薬局を事業譲渡する場合、新運営者は保健所の『開設許可』と厚生局の『保険薬局指定』を新規申請する必要があります。遡及申請により開設日にさかのぼって指定を受けられますが、手続き期間(2-4週間)中は保険調剤ができず、その間の売上損失が生じます。契約上、遡及申請完了までを引き継ぎ完了条件として明記する必須です。

  2. 2

    薬機法上の管理薬剤師配置基準と常勤性の確認

    薬局には常勤の管理薬剤師1人配置が薬機法で義務付けられており、M&A交渉時に該当人材の継続就業意思を確認することが重要です。管理薬剤師不在となると保健所から業務停止命令を受け、営業できない期間が生じるため、契約上の人員配置維持義務を明確化する必須です。

  3. 3

    調剤報酬改定による加算減算の経営影響評価

    診療報酬改定(2年ごと)に伴い、調剤基本料や地域支援体制加算が毎回見直されます。規模別(処方箋集中率・店舗数)による加算減算ルールが適用され、M&A後の企業規模拡大により基本料が減算される可能性があります。事前にシミュレーションを実施し、買収後の収益性を正確に予測する必須です。

  4. 4

    在庫医薬品の引き継ぎと有効期限管理

    薬局の在庫医薬品は有効期限が限定されており、M&Aクロージング時点の棚卸し結果に基づき、有効期限内の医薬品のみを買収対価に含める必要があります。期限切れ医薬品の廃棄責任が売り手と買い手のいずれに属するかを契約上明確化しないと、M&A後の不要な廃棄コスト負担が生じます。

  5. 5

    処方箋集中率と医薬分業の地域特性確認

    薬局の経営安定性は、取得処方箋の医療機関依存度(特定医院からの集中率)に大きく左右されます。特定医院の廃院・統合や医師の高齢化により処方箋減少のリスクがあるため、過去3-5年の処方箋推移データを確認し、買収対価のDCF評価に反映させる必須です。

  6. 6

    健康保険組合等の審査支払機関との請求・返戻実績確認

    レセプト返戻率が高い薬局(請求漏れ・医学的な根拠不足による査定多発)では、保険医療機関からの信頼低下につながり、処方箋減少のリスクが生じます。M&A交渉時にレセプト返戻率・査定事由を過去12ヶ月分確認し、返戻多発の場合は対価調整や改善計画の実装を条件とする必須です。

  7. 7

    法定帳簿・記録(処方箋保管・実績報告)の完全引き継ぎ

    薬機法・健康保険法に基づき、処方箋は3年間保管、調剤実績は厚生局へ月次報告する義務があります。M&A交渉時に既往の帳簿保管状況、報告遅延・誤記の有無を確認し、新運営者が正確に引き継げる体制を構築する必須です。報告遅延が発覚すると、保険医療機関への返付金請求が生じる場合があります。

※上記は保険薬局M&Aで実務上問題になりやすい論点を整理したものです。個別案件では他にも検討すべき事項がございます。一次相談は無料でお受けしておりますのでお気軽にご相談ください。

数字で見る 調剤薬局・ドラッグストア業界の現在地

INDUSTRY STATISTICS

市場の規模感・動向(最新値)

調剤薬局・ドラッグストア M&A に効いてくる法令の地図

LEGAL FRAMEWORK

主要法令
  • 医薬品医療機器等法(薬機法):医薬品・医療機器・化粧品・再生医療等製品の品質・有効性・安全性確保、薬局の構造基準・設備基準・一般用医薬品の販売管理… [厚生労働省・e-Gov法令検索]
  • 薬剤師法:薬剤師の資格・職務・調剤業務・処方箋監査・情報提供・指導の法的義務を規定… [e-Gov法令検索]
  • 地域連携薬局・専門医療機関連携薬局制度:薬局の機能を可視化し、患者が適切に薬局選択できる制度。地域連携薬局は医療機関との連携、専門医療機関連携薬局は高度な医療分野(がん等)に特化… [m3.com・神奈川県等自治体公開情報]
  • 健康保険法・調剤報酬:処方箋に基づく調剤報酬の請求制度、調基本料・調剤技術料・加算(時間外対応加算・地域連携薬局加算・専門医療機関連携薬局加算等)の規定… [MedPeer「調剤基本料の解説」]
  • 個人情報保護法(APPI):患者の医療・投薬履歴・個人健康情報の厳格管理、医療機関との情報共有の法的枠組み… [厚生労働省]

判例・賠償事例で見る リスクの輪郭

JUDGMENTS & LIABILITIES

主要判例

業界団体と連携先のマップ

INDUSTRY ASSOCIATIONS

主要業界団体
  • 日本薬剤師会(日薬):薬剤師の職能団体・代表者組織、政策提言、継続研修・賠償責任保険提供 [公式]
  • 日本保険薬局協会(NPhA):調剤報酬交渉、加算要件企画、賠償責任保険窓口、会員サポート [公式]
  • 日本チェーンドラッグストア協会(JACDS):ドラッグストア業界の統一組織、OTC医薬品販売制度企画、賠償責任保険提供、業界スタンダード策定 [公式]
  • 日本病院薬剤師会(日病薬):病院薬剤師の職能団体、臨床研修、賠償責任保険提供
  • 各地方薬剤師会:都道府県・地区レベルの薬剤師職能組織、地域保険医療計画参加、調査研究

保険の選び方と引継ぎ論点

INSURANCE

調剤薬局・ドラッグストア向け主要保険
  • 薬剤師賠償責任保険:調剤過誤・医薬品販売ミス・患者への情報提供不足による健康被害に対する法律上の損害賠償責任 [日本薬剤師会・NPhA・JACDS]
  • 薬局賠償責任保険:薬局が負う施設責任・従業員管理責任を包括するもの。個別の調剤過誤保険とセット加入が一般的。 [NPhA 2024年度案内]
  • M&A時の保険移行リスク[薬剤師向けコラム]

承継スキームと税務の見取り図

M&A SCHEMES & TAX

主要スキームの税務取扱い

調剤薬局・ドラッグストア M&A・事業承継 ― 実務でよくあるご質問

調剤薬局・ドラッグストアの M&A 検討段階で特に質問が多い実務論点を、業界規制・一次ソース根拠に基づいて整理しました。

Q1. 調剤薬局の売却相場はどう決まる?

月の技術料と処方箋応需枚数が主要決定要因。

営業利益の3-5年分が目安(強い薬局は5-6年分)。処方箋枚数の『安定性』と『質』(処方医の多様性、医療機関の廃業リスク)が重視される。のれん代(営業権)が加算される。
出典:M&A関連機関

Q2. 薬剤師が退職すると事業継続に影響するか?

重大な影響。

薬機法では『管理薬剤師』の専任配置が必須で、不在時は調剤業務が停止される。既存薬剤師の継続雇用が営業継続の生命線。給与削減や労働条件変更は流出リスクが高い。M&A前に薬剤師との『雇用継続合意書』取得が必須。
出典:M&A関連調査

Q3. 調剤報酬請求はどうやって引き継ぐ?

売却後、買収側で新たに保険薬局として『社会保険診療報酬支払基金』『国庫補助金交付機関』に登録申請が必須。

手続き遅延で3-6カ月の『無報酬期間』が生じる可能性。既存請求システム・医療保険者との登録情報・顧客マスタの移管が必須。
出典:M&A関連記事

Q4. 株式譲渡と事業譲渡、どちらが有利?

★株式譲渡:許認可再申請不要・従業員雇用契約自動承継・手続き簡素化。

事業承継型が一般的。★事業譲渡:資産・負債を選別可能・営業権のみ移転。個人薬局が経営者引退時に活用。税負担は株式譲渡(所得税20.315%)vs事業譲渡(法人税22%+消費税10%)で比較検討。
出典:M&A関連機関

Q5. チェーン薬局と個人薬局で売却相場は違う?

大きく異なる。

チェーン薬局は経営基盤が安定し、買収側の相乗効果(仕入原価低下・オペレーション標準化)が見込め、営業利益倍数が相対的に高い(4-6年分)。個人薬局は創業者の個人的評判に依存し、売却後に『のれん代』が急速に減価償却されるリスク(初回3-4年分→その後1-2年分に低下)。
出典:M&A関連解説

Q6. ドラッグストア(化粧品・食品販売あり)と調剤薬局の M&A は同じ?

評価方法が異なる。

調剤薬局は『調剤技術料+処方箋枚数』に基づく営業利益が重視される。ドラッグストアは OTC 医薬品・化粧品・食品の『原価率 70-80%・回転率主導』で評価される。売却評価時に『調剤部門の利益率(高い)』と『OTC 部門(低い)』を分離分析が必須。複合店舗は調剤比率が高いほど評価がプラム。
出典:帝国データバンク

Q7. 競業避止条項(売却後、売り手が競合薬局を開局できない)は有効か?

一般的。

買収側が営業権保護のため『2-5年間、売却地域内での競合業務禁止』を契約条項に入れる。違反時は損害賠償が発生。ただし、経営者の『職業選択の自由』(憲法 22 条)と衡量し、『地域限定・期間限定・必要最小限』に限定される判例が多い(通常3年程度が合理的)。
出典:M&A関連解説

Q8. 大手チェーン薬局 vs 個別買い手、売却先としてどちらが有利?

★大手チェーン:評価額が高い(相乗効果大)、ただし経営面での自由度が大幅に制限される(人事・商品・価格を親会社が統制)。

★個別買い手(同業者・PE ファンド):評価額が低い可能性あり、ただし売却後の経営継続・従業員処遇の交渉余地が大きい。売却戦略(『高値売却優先』vs『事業継続性・従業員保護優先』)により選択が異なる。
出典:M&A関連記事

Q9. M&A 時に買い手から『表明保証』でどんなことを要求されるか?

売り手が『ここまでの内容は真実である』と約束する項目。

調剤薬局では以下が標準:①薬局許可・管理薬剤師資格の有効性 ②処方箋枚数・売上の実績(改ざんなし) ③調剤過誤・訴訟・行政処分の有無 ④顧客情報の法令遵守(個情法・APPI)⑤薬価差益・不正請求の有無 ⑥従業員給与・福利厚生の法令遵守。違反時は『表明保証保険』で補償される(買い手が保険料負担)。
出典:M&A関連機関

Q10. 地域連携薬局・専門医療機関連携薬局の認定は M&A で引き継げるか?

引き継ぎ不可。

売却前の認定は失効し、買収側が改めて申請・認定を受け直す必要がある。ただし、既存の『認定』が売却価値を大幅に上昇させる場合あり(加算点数が増える)。買収側が『即時認定取得』を契約条件に盛り込む場合も多い。申請~認定まで 2-4 週間かかる。
出典:m3.com「地域連携薬局とは」

Q11. 処方医(診療所・病院)が廃業したら薬局の売却相場は下がる?

急落する。

処方箋の大部分を 1-2 医療機関に依存する『門前薬局』は、その医療機関の廃業で営業が成り立たなくなる。買い手の最優先チェック項目。主要処方医 5 社の依存度率が 70% 以上なら『リスク高い』と評価される。複数医療機関からの処方箋を確保する『面分業』転換が評価向上につながる。
出典:M&A関連記事

よくあるご質問

FAQ

個人開設の薬局でも、第三者承継(M&A)は可能ですか?
可能です。全国の薬局63,203件のうち中小・独立系は 約86%(厚労省 衛生行政報告例・矢野経済研究所)であり、近年は個人開設薬局に対する第三者承継が増えています。スキームは 「事業譲渡」が原則で、調剤機器・什器備品・薬歴・賃貸借契約・スタッフ雇用などを個別に承継します。保険薬局指定・薬局開設許可・麻薬小売業者免許は新規取得が原則ですが、患者継続調剤を確保する目的で 遡及指定の取扱いを受けられる場合があります(厚生局への事前相談必須)。
保険薬局指定は引き継げますか?
法人開設の薬局を 株式譲渡で承継した場合、開設者である法人の同一性が維持されるため、保険薬局指定はそのまま継続します(健康保険法第65条)。事業譲渡では旧開設者の指定が失効し、新開設者は新規申請が必要となりますが、廃止届と新規申請を同日付で提出し地方厚生局に事前相談したうえで 「遡及指定」の取扱いを受けられる場合があります。事前相談は承継予定日の 2〜3か月前から開始するのが実務上の目安です。
薬歴・処方箋情報は新薬局に引き継げますか?
事業承継に伴う薬歴・調剤録の引継については、事業承継の慣行として、患者の個別同意なしに引き継げるとの実務運用が一般的です(個人情報保護法第27条第5項第2号の整理)。望ましい運用としては、承継案内の店内掲示・処方箋元医療機関への通知・希望者への情報提供停止の機会付与を行い、透明性を確保します。具体的な対応は弁護士・個人情報保護担当の専門家、および当社にご相談ください。
個人開設と法人開設で承継スキームに違いはありますか?
個人開設は事業譲渡が原則となり、保険薬局指定・薬局開設許可・麻薬小売業者免許がすべて新規取得扱いとなります。法人開設では株式譲渡を選択することで、これら許認可がそのまま継続されます。法人化されている薬局では、株式譲渡を第一選択肢として検討します。M&A前に法人化することで選択肢が広がりますが、設立から保険薬局指定の名義変更まで 3〜6か月を要するため、承継時期次第で判断します。
閉局(廃業)するのとM&Aするのとでは、どちらが得ですか?
ケースバイケースですが、閉局は通常コストが発生する側です。在庫医薬品の処分・原状回復・調剤機器の廃棄・スタッフ退職金・リース解約金等で 1,000万〜3,000万円規模の支出となる場合があります。一方、第三者承継が成立した場合は、調剤機器・薬歴・処方箋元医療機関との関係・スタッフ等が「営業権」として評価され、対価が得られる可能性があります。当社では、閉局シナリオと承継シナリオの収支比較も含めて初期相談時にご説明します。最終的な税務処理については顧問税理士にご確認ください。
M&Aの前に法人化したほうがよいですか?
法人化により 株式譲渡という選択肢が生まれ、許認可継続のメリットがあります。一方、法人設立から保険薬局指定の名義変更まで 3〜6か月程度を要するため、承継時期が急がれる場合は個人事業のまま事業譲渡を選択し、遡及申請で保険収入空白を最小化するケースが多くあります。法人化の判断は、現在の所得規模・承継時期・買い手候補の意向・税務上の影響を総合的に判断する必要があります。顧問税理士弁護士、および当社にご相談ください。
承継後、私はどうなりますか?引退しないといけませんか?
承継後の関与の仕方は、売主オーナー様のご希望に合わせて設計します。完全引退、半年〜1年の引継ぎ期間(顧問・非常勤)、管理薬剤師として残置、週1〜2日の継続勤務等、柔軟に組み立て可能です。患者・スタッフへの引継ぎを丁寧に行うため、最低でも数か月〜半年程度の引継ぎ期間を設けることを推奨します。買い手と事前に擦り合わせを行い、契約書(事業譲渡契約・顧問契約等)に明記します。
スタッフ(薬剤師・事務員)の雇用は継続されますか?
株式譲渡では労働契約は法人ごと自動承継されます。事業譲渡の場合、労働契約は自動承継されないため、スタッフ一人ひとりの個別同意が必要です。承継前の早い段階で買い手と雇用条件(給与・勤務時間・退職金引継等)を擦り合わせ、現在と同等以上の条件で継続雇用される設計を最優先で交渉します。管理薬剤師の継続雇用は、調剤報酬の各種加算(地域支援体制加算等)の算定要件維持にも直結する重要論点です。
麻薬小売業者免許の取扱いはどうなりますか?
麻薬小売業者免許は、麻薬及び向精神薬取締法に基づき開設者に対して付与されます。事業譲渡では旧開設者の 麻薬小売業者免許廃止届と新開設者の 麻薬小売業者免許申請が必要です。在庫の麻薬は原則として譲渡できず、麻薬卸売業者への返納または都道府県の麻薬取締員立会いのもとでの廃棄手続きが必要となります。承継時期の在庫を計画的に圧縮する設計を、引継ぎ計画に組み込みます。毒物劇物販売業登録も同様に廃止+新規申請が必要です。
厚生局・保健所への手続きは、どのくらい必要ですか?
事業譲渡の場合、概ね以下の手続きが必要となります。

(1)保健所:薬局廃止届・薬局開設許可申請(医薬品医療機器等法第4条)
(2)地方厚生局:保険薬局廃止届・保険薬局指定申請(健康保険法第65条)
(3)都道府県:麻薬小売業者免許廃止届・申請、毒物劇物販売業登録
(4)管理薬剤師選任届(医薬品医療機器等法第7条)
(5)生活保護法・自立支援医療等の指定申請

事前相談から指定交付まで通常 2〜3か月を要します。当社が届出スケジュールを承継契約・引継ぎ計画と一体で設計します。
相談したら、売らなきゃいけませんか?
いいえ。ご相談だけでも構いません。ご相談後に「今回は見送ります」と決めていただいて、一切問題ありません。閉局・継続・承継の3つの選択肢を比較しながら、ご納得のいく選択肢を一緒に考えます。
税金について、教えてください。
税務は 税理士法第52条により、当社が個別具体的な提案をすることはいたしかねます。事業譲渡の場合は譲渡対価のうち営業権部分が事業所得・譲渡所得等として課税される、株式譲渡は譲渡所得課税(分離課税20.315%)となる、といった一般論をご説明したうえで、顧問税理士様にご確認いただく形でご案内します。顧問税理士がいらっしゃらない場合は、医療系M&Aに知見のある税理士をご紹介可能です。
家族や患者さんに、知られたくない。
相談段階から NDA(秘密保持契約)で徹底管理します。薬局名を公開せずに買い手に打診する進め方も可能です。「○○県○○市の門前型・年商○千万円」のような匿名形式で買い手候補を探索することができます。家族・患者さん・処方箋元医療機関への開示は、ご希望のタイミングで設計します。
相談は無料ですか?手数料はいくらですか?
初回相談・簡易査定・進行中の段階まで、すべて無料です。JFSCは 完全成功報酬を採用しており、M&A成約時のみ報酬が発生します。着手金・中間金・月額料は一切いただきません。

大手M&A仲介会社では「最低手数料2,000万円以上」が設定されているケースが多い一方、JFSCの最低手数料は700万円で、譲渡価格1,000〜3,000万円帯の小規模薬局案件もご相談いただけます。

詳細な料金テーブル・成約までの進め方は 「M&Aの流れの一例(料金テーブル掲載)」 をご覧ください。
成約までどれくらいの期間がかかりますか?
薬局の規模・所在地・買い手探索の状況により異なりますが、標準的には3〜6ヶ月、保健所・厚生局の事前調整を含めると6〜9ヶ月を目安にお考えください。買い手候補と事前に綿密な調整を行い、調剤を止めずに進められるよう、売主オーナー様のペースで進行します。
進め方の方針は?
売主オーナー様の意向を最優先に進めます。「いつ・誰に・どの条件で渡すか」すべてオーナー様の判断を尊重し、買い手の都合で交渉を急がせることはいたしません。患者・スタッフ・処方箋元医療機関への説明タイミングも、ご意向に沿って設計します。
DD(デューデリジェンス)の立場はどうなりますか?
JFSCは 中立的な立場を貫きます。必要に応じて 第三者専門家(公認会計士弁護士・税理士・行政書士・社会保険労務士等)をご紹介可能です。買い手寄りに偏るリスクがない体制で、売主オーナー様の利益を損なわないよう対応します。事前資料整理・質問回答の代行・面談セッティングまで売主側をサポートします。
他社との違いはどこにありますか?
JFSCは案件規模・業種特性・売り手の事業継続方針に応じて、案件ごとに「渡し方」を個別設計します。調剤薬局の実務(保険薬局指定・遡及申請・管理薬剤師承継・麻薬小売業者免許・処方箋元医療機関への通知・スタッフ雇用・厚生局/保健所手続き)に深く通じ、価格の透明性・中立性・売主側に立つ姿勢で他社と差別化しています。最低手数料の高さで大手に断られた小規模薬局案件にも対応可能です。
どこまで対応できますか?(地域・規模)
全国対応可能です。首都圏はもちろん、各地方都市でもご相談実績があります。オンライン面談・現地訪問を組み合わせ、所在地を問わず売主オーナー様のペースで進行可能です。規模は 個人開業の年商数千万円の薬局から、法人運営の年商数億円規模の多店舗チェーンまで対応いたします。

追加 Q&A:調剤薬局・薬局・廃業・許認可承継

Q. 薬局の M&A は、通常の調剤薬局 M&A と何が違うのか?

薬局(調剤薬局)の M&A は、薬剤師管理・調剤報酬・処方箋応需・備蓄医薬品が論点になります。一般的な調剤薬局と比較しても、業態固有の継続業務・許認可・契約承継の論点が中核となります。薬局 M&A 特有の論点は専任の事業承継アドバイザーへご相談ください。

Q. 調剤薬局の後継者不在で困っています、どこから動けば良いか?

調剤薬局(薬局)の後継者不在は、業界全体の構造課題です。動き出しは ①現状把握(許認可・人員配置・取引関係)→ ②選択肢の整理(廃業 vs 親族承継 vs 第三者 M&A)→ ③相談相手の選定、の順。後継者不在セルフチェック から始めてください。

Q. 調剤薬局の廃業を検討していますが、M&A の選択肢はあるのか?

調剤薬局(薬局)の廃業は、許認可の自主返納・契約解約・設備処分等で実務負担と費用が大きくなります。一方で M&A であれば許認可承継・契約継続・従業員雇用維持が可能で、廃業より売り手の取り分も大きくなる場合が多いです。

Q. 調剤薬局の許認可は、M&A でそのまま引き継げるのか?

許認可承継は M&A の手法によって取扱いが異なります。株式譲渡では法人格が維持されるため許認可は基本的に継続可能、ただし役員変更届等は必要。事業譲渡では許認可自体は引き継げず、買い手側で新規取得が必要なケースが多くなります。

Q. 調剤薬局の M&A で、買い手はどのように見つかるのか?

調剤薬局(薬局)の買い手候補は、①同業他社(横展開・規模拡大)②異業種参入企業 ③投資ファンド の 3 ルートが中心。当社では非公開ネットワーク経由でのマッチングを基本とし、薬局 M&A に強いネットワークから候補を選定します。

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M&Aをもっと知りたい方へ

本ページは、代表取締役 五十嵐 悠一の監修のもと作成・運用しています。
内容は2026年4月時点の情報・公表統計に基づきます。
事業承継・労務・税務の個別具体的なご判断は、必ず税理士・弁護士・社会保険労務士等の専門家にご確認ください。
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加盟・登録団体

公的データ・統計(出典明示)

調剤薬局 の代表的な敗訴・賠償判例(DD・PMI で重要)

M&A 後の簿外債務リスクを定量化するため、業種特有の敗訴判例・賠償実例を一次ソースで参照します。

※ 個別案件によって賠償額・責任範囲は大きく異なります。M&A 検討時の DD 段階で、貴社固有のリスクを弊社(日本財務戦略センター)と専門家(弁護士・税理士等)でご確認ください。

都道府県・主要都市別 調剤薬局M&A ガイド

JFSC は全国対応。各エリアの市場特性・許認可手続き・地元金融機関ネットワークに対応した 調剤薬局M&A 事業承継支援を行っています。

都道府県別

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主要政令指定都市別

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調剤薬局 に近い業種の M&A ガイド

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広域エリア別 M&A・事業承継 動向

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調剤薬局 の最新法改正・公的トピック(2024-2026年)

M&A 検討時の DD で把握すべき業種関連法の最新動向です。一次ソースから確認できます。

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最終更新:2026 年 4 月 29 日

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