本記事は宅地建物取引業（宅建業・不動産会社・不動産業者・賃貸管理業）のM&A・事業承継に関する実務情報です。個別事案により判断が異なるため、具体的なご相談は弁護士・税理士・公認会計士等の専門家へご確認ください。
最終更新日：2026-04-21
監修：日本財務戦略センター（JFSC）代表取締役 五十嵐 悠一（中小企業庁 M&A支援機関）
1. スキームの基本定義：株式譲渡と事業譲渡は法律上「別物」
中小M&Aで「株式譲渡」と「事業譲渡」は、しばしば「同じM&Aの選択肢」として並列に語られます。しかし、両者は会社法上の法的性質が根本的に異なるスキームです。この違いを理解しないままアドバイザーに相談すると、後で「事業譲渡を選んだら想定外の消費税が発生した」「株式譲渡で簿外債務まで引き継いでしまった」といった事態に直面します。
本章では、まず両スキームの法的定義と承継方法の違いを押さえます。後続章で扱う負債・消費税・表明保証・雇用・許認可といった実務論点の出発点となる、最も基礎的な内容です。
- 譲渡対象：事業（資産・負債等の集合体）
- 譲渡側：会社（法人）
- 承継方法：個別承継（契約書で1つずつ列挙）
- 会社法根拠：467〜470条
1-1. 包括承継 vs 個別承継：実務で何が違うのか
両スキームの違いを一言で言うと、「会社という箱ごと売る」か、「箱の中身を選んで売る」かです。この差が、後の章で扱う負債・消費税・雇用・許認可といった実務論点すべての出発点になります。
典型的な例として、株式譲渡では会社が抱える簿外債務（決算書に載っていない債務、例：未払残業代、係争中の損害賠償リスク、過去の税務調査での否認リスク）も自動的に買い手に引き継がれます。買い手はデューデリジェンスでこれを洗い出そうとしますが、定義上「帳簿に載っていない」ため100%の検出は困難です。
一方、事業譲渡では譲渡契約書で「この債務は引き継がない」と明記すれば、売り手会社に残ります。簿外債務リスクの大部分が売り手に留まる構造です。これが「債務超過の会社でも事業譲渡なら買い手がつく」と言われる理由です。
逆に言えば、事業譲渡では「契約に列挙し忘れた資産・契約」は引き継がれません。長年取引してきた取引先との契約も、譲渡契約書に列挙し忘れれば、買い手は新規に契約交渉をやり直す必要があります。個別承継の手間とリスクは、事業譲渡を選ぶ場合の最大の論点の一つです。
2. 負債の扱い：株式譲渡で簿外債務まで引き継ぐリスク
「株式譲渡 負債」「事業譲渡 負債」と検索される方が最も気にされている論点が、負債の引継ぎ範囲です。本章では、両スキームでの負債承継の仕組みと、買い手・売り手それぞれのリスク管理手法を整理します。
2-1. 株式譲渡：全負債が自動的に買い手に引き継がれる
株式譲渡では、会社の法人格そのものは変わらず、株主だけが交代します。したがって、会社の貸借対照表（BS）に計上された負債は、すべて買い手の支配下に入る会社の負債として残ります。借入金、買掛金、未払金、退職給付引当金、繰延税金負債——すべてです。
これは買い手にとって透明度が高く処理しやすい一方、「決算書に載っていない負債（簿外債務）」も同様に引き継がれてしまうのが落とし穴です。代表的な簿外債務には次のようなものがあります。
- 未払残業代（労働基準法違反のサービス残業を後から請求されるリスク）
- 係争中の損害賠償リスク（取引先からのクレーム、労働紛争、製造物責任など）
- 税務調査での否認リスク（過去の経費計上や役員報酬が後で否認され追徴課税）
- 環境債務（土壌汚染、アスベスト、廃棄物処理義務）
- 退職給付債務の積立不足（オフバランス処理されている退職金未払分）
- 連帯保証・債務引受の偶発債務（代表者個人保証以外の連帯保証契約）
買い手はデューデリジェンス（DD）でこれらを洗い出そうとしますが、定義上「帳簿に載っていない」ため、すべてを発見することは困難です。実務的には、表明保証条項と補償条項を譲渡契約書に組み込み、簿外債務が後日発覚した場合に売り手が補償する設計でカバーします（後述・第4章）。
2-2. 事業譲渡：個別指定された負債のみが引き継がれる
事業譲渡では、譲渡契約書で「引き継ぐ債務」を1つずつ列挙します。列挙されなかった債務は、原則として売り手会社に残ります。これが「事業譲渡なら簿外債務リスクから逃げられる」と言われる理由です。
ただし注意点として、商法17条の「商号続用責任」があります。譲受会社（買い手）が譲渡会社（売り手）の商号を続用する場合、譲渡会社の事業によって生じた債務について、譲受会社も弁済責任を負う場合があります。商号変更や免責登記で回避することは可能ですが、譲渡契約交渉の論点として押さえておく必要があります。
2-3. デューデリジェンスの限界と、表明保証で穴埋めする実務
株式譲渡を選ぶ場合、買い手は数百万円〜数千万円の費用をかけてDD（財務・法務・税務・労務など）を実施します。しかし、DDで100%のリスクを発見できる前提に立つのは現実的ではありません。中小企業の決算書や契約書管理は、上場企業ほど整備されていないケースが大半だからです。
このため実務では、譲渡契約書に「表明保証条項（Representations & Warranties）」を組み込み、売り手が「決算書は正確である」「重大な未開示の負債はない」「過去に重大な違法行為はない」等を保証します。万一保証違反が判明した場合、売り手が買い手に補償する仕組みです。
表明保証の射程と期間は、株式譲渡と事業譲渡で大きく異なります（詳細は第4章）。
3. 消費税の扱い：営業権が課税対象になる落とし穴
「事業譲渡 消費税」で検索される方の多くが見落としているのが、「事業譲渡では譲渡対価のうち課税対象部分に消費税がかかる」という事実です。本章では、両スキームでの消費税の扱いと、それが譲渡対価交渉に与える影響を整理します。
3-1. 株式譲渡：消費税は非課税
株式の譲渡は、消費税法上の非課税取引に該当します（消費税法6条1項、別表2）。株式は「有価証券」であり、消費税の課税対象外です。これは買い手・売り手ともにシンプルな構造です。
3-2. 事業譲渡：「資産の内訳」ごとに課税/非課税が分かれる
事業譲渡では、譲渡される資産の1つ1つについて、消費税の課税対象かどうかを判定します。これが見落とされやすい論点です。
| 譲渡資産の種類 | 消費税 | 根拠 |
|---|---|---|
| 営業権（のれん） | 課税 | 消費税法2条1項8号 |
| 棚卸資産（在庫） | 課税 | 同上 |
| 機械装置・車両等の動産 | 課税 | 同上 |
| 建物 | 課税 | 同上 |
| 土地 | 非課税 | 消費税法6条、別表2 |
| 有価証券 | 非課税 | 同上 |
| 売掛金・未収金 | 非課税 | 同上 |
特に注意すべきは「営業権（のれん）」が課税対象であること。事業譲渡で譲渡対価の中に営業権が含まれる場合、その部分には10%の消費税がかかります。例えば営業権1億円が含まれていれば、買い手は1,000万円の消費税を別途売り手に支払う必要があります。
3-3. 「消費税は誰が負担するのか」が値段交渉のテーマになる
事業譲渡で発生する消費税は、形式的には買い手が支払い、売り手が受け取って税務署に納付する仕組みです。しかし、実態としては譲渡対価の総額交渉のなかで、「消費税分を上乗せするか／含めるか」が論点になります。
買い手の立場では、支払った消費税は仕入税額控除として原則回収できますが、課税売上割合や事業内容によっては全額還付されないケースもあります。売り手の立場では、消費税相当額の納税義務が発生するため、譲渡対価から差し引いて手取りを試算する必要があります。
「事業譲渡を選ぶと消費税で損する」という単純な話ではなく、誰がどこで負担し、どこで回収するのかを譲渡対価交渉の中で正確に設計することが重要です。
4. 表明保証の射程と期間：株式 2-3年 vs 事業 1年
第2章で触れた表明保証条項は、株式譲渡と事業譲渡で射程と期間に大きな違いがあります。これは買い手のリスク負担に直結する論点です。
- 射程：会社全体（資産・負債・契約・法令遵守すべて）
- 期間：2〜3年が標準（中小M&A実務慣行）
- 免責：簿外債務は売り手責任
- 補償上限：譲渡対価の50〜100%が一般的
- 射程：譲渡部分に限定（資産・契約のみ）
- 期間：1年が標準（取引慣行）
- 免責：列挙外の負債は売り手と無関係
- 補償上限：譲渡対価の30〜50%が一般的
株式譲渡では会社全体を引き継ぐため、表明保証も広範になります。買い手は「この会社の過去2-3年分の経営判断・契約・法令遵守状況」をすべて売り手に保証してもらうイメージです。一方、事業譲渡では譲渡対象が限定されているため、保証範囲も期間も狭まります。
近年は、海外ファンド主導のM&Aを中心にRep&Warranty保険（表明保証保険）を活用する案件も増えていますが、中小M&Aではまだ導入例が限定的です。保険料負担と中小譲渡対価のバランスから、現状は契約条項での補償設計が中心です。
5. 雇用引継ぎと退職金清算：個人に支払うのが一般的
従業員の雇用継続は、中小オーナーが最も気にされる論点の一つです。両スキームでの扱いの違いと、実務でよく取られる退職金清算の方法を整理します。
5-1. 株式譲渡：従業員は自動承継
株式譲渡では会社の法人格が変わらないため、従業員の労働契約は何の手続きもなく継続します。雇用主は同じ会社のまま、株主だけが交代する構造です。従業員に「個別の同意」を取る必要はありません。
ただし、株主交代に伴い経営方針が変わることへの不安から、従業員のモチベーションや離職リスクが発生する場合があります。M&A後の早期コミュニケーション計画は、株式譲渡でも重要な実務論点です。
5-2. 事業譲渡：転籍同意が必要、退職金清算は実務慣行で個人に支払う
事業譲渡では、従業員の労働契約は譲渡会社（売り手）から譲受会社（買い手）への転籍として扱われます。労働契約は属人的なため、従業員1人1人の個別同意が必要です。同意しない従業員は、売り手会社に残るか、退職するかの選択を迫られます。
このとき、勤続年数の取り扱いが論点になります。実務慣行として、譲渡時に売り手会社が退職金を従業員個人に支払って一旦精算するパターンが一般的です。買い手会社では新規入社扱いとなり、勤続年数はリセットされます。退職金原資は譲渡対価から捻出するか、別途売り手会社の自己資金で賄います。
5-3. 退職金清算で見落とされやすい税務論点
退職金は税務上「退職所得」として優遇されます（退職所得控除＋1/2課税）。事業譲渡で従業員に退職金を支払う場合、適切な額・支給方法を取れば、従業員の手取りを最大化できる場合があります。一方、譲渡時の退職金支払いが「退職所得」として認められるかは、勤続年数・退職事由・支給基準によって判定されるため、税理士と相談しながら設計することをおすすめします。
6. 許認可の再取得コスト：事業譲渡の隠れた論点
事業譲渡で見落とされやすいのが許認可の引継ぎ問題です。株式譲渡では会社が同じため許認可は維持されますが、事業譲渡では原則として買い手側で新規に取得する必要があります。業種によっては、再取得期間中の営業停止が大きな機会損失になります。
| 業種 | 株式譲渡 | 事業譲渡 | 所管 |
|---|---|---|---|
| 建設業 | 維持（変更届のみ） | 再申請（3〜6ヶ月） | 国土交通省 |
| 宅地建物取引業 | 維持（変更届のみ） | 再登録（6〜10ヶ月） | 国土交通省 |
| 医療法人 | 維持（理事交代） | 再許可・保険指定再取得 | 厚生労働省 |
| 介護事業 | 指定継続 | 廃止届＋再指定（3〜6ヶ月） | 厚生労働省 |
| 調剤薬局 | 指定継続 | 保険薬局指定再取得 | PMDA・厚生労働省 |
| 飲食店 | 維持 | 再取得（1〜2ヶ月） | 保健所 |
特に宅地建物取引業は、新規免許取得に「物理的な事務所スペース」「専任宅地建物取引士の確保」「申請書類の準備」が必要で、申請から免許交付まで6〜10ヶ月かかるケースもあります。この期間、買い手は宅建業（不動産業）として営業できないため、機会損失は数百万円〜数千万円規模になり得ます。
事業譲渡を検討する場合、対象事業の所管法令と再取得期間を、譲渡契約書のクロージング条件設計の段階で必ず確認することをおすすめします。
7. 【コラム】令和8年度税制改正・ミニマムタックスがスキーム選択に与える影響
2025年12月26日閣議決定の令和8年度税制改正大綱により、ミニマムタックス制度が大幅に強化される見込みです。施行は令和9年（2027年）1月から。
| 項目 | 改正前（令和8年12月まで） | 改正後（令和9年1月以降） |
|---|---|---|
| 基準所得金額の控除 | 3.3億円 | 1.65億円（半減） |
| 税率 | 22.5% | 30%（1.33倍） |
株式譲渡で発生するキャピタルゲインは、ミニマムタックスの判定基礎となる「基準所得金額」に算入されます。譲渡益が1.65億円超かつ通常税率20%が適用されている場合、上乗せ課税で実効税率が最大30%に達します。譲渡対価が大きい中小オーナーにとっては、株式譲渡 vs 事業譲渡のスキーム選択や、譲渡タイミングの判断に影響する論点です。
出典：財務省 令和8年度税制改正大綱（2025年12月26日閣議決定）。個別の税務判断は必ず顧問税理士にご相談ください。
8. 「仲介は事業譲渡を勧めない」と言われる構造的背景
中小M&A業界では、「仲介会社は事業譲渡を積極的に提案しない傾向がある」と指摘されることがあります。これは特定の仲介会社の姿勢を批判するものではなく、業界の構造的な要因として理解しておくべきポイントです。
8-1. 工数の差：事業譲渡は株式譲渡より手間がかかる
事業譲渡では、引き継ぐ資産・負債・契約を譲渡契約書で個別に列挙する必要があります。実務上、1案件あたりの工数は株式譲渡の2〜3倍になることが珍しくありません。許認可の再取得手続き、従業員の個別転籍同意、消費税の処理など、株式譲渡では発生しない論点を1つずつ詰める必要があるためです。
8-2. 報酬体系の影響：レーマン方式と譲渡対価の関係
多くのM&A仲介会社はレーマン方式（譲渡対価に応じて手数料率が逓減する報酬体系）を採用しています。事業譲渡で簿外債務を切り離した結果、譲渡対価が小さくなれば、仲介会社の報酬も小さくなる構造です。これは仲介会社個人の利益相反というより、業界全体の報酬構造に内在する傾向として理解する必要があります。
8-3. オーナー側で押さえておくべきこと
このような構造を前提に、オーナー側でできる対応は次の通りです。
- 初期相談時に「事業譲渡という選択肢の検討余地があるか」を必ず質問する
- 株式譲渡を勧められた場合、その理由（簿外債務リスクの有無、許認可の制約、税務効果など）を具体的に聞く
- セカンドオピニオンとして、別の専門家（税理士・弁護士・別のM&Aアドバイザー）の意見も求める
中小M&Aガイドライン第3版（2024年8月改訂）でも、セカンドオピニオン取得の推奨が明記されています。仲介会社1社の判断だけに依存せず、複数の視点で検討することが重要です。
9. 実務判定フロー：あなたの会社はどちらを選ぶべきか
これまでの章で整理した論点を踏まえ、株式譲渡と事業譲渡のどちらを選ぶべきかの判定フローを整理します。あくまで一般論であり、個別案件は専門家との相談が必須ですが、初期検討の指針としてご活用ください。
- 会社に債務超過または多額の借入金がある（簿外債務リスクが高い）
- 過去に労務トラブルや係争中の案件がある
- 収益性の高い事業と低い事業が混在し、収益事業のみ売却したい
- 不動産・有価証券など個人で保有したい資産を会社に残し、譲渡対価を最大化したい
- 許認可の再取得期間が許容できる業種（飲食店、一部の小売・サービス業等）
- 会社が健全な財務状況で、簿外債務リスクが低い
- 許認可の再取得が困難な業種（建設業、宅建業（不動産業）、医療、薬局等）
- 従業員数が多く、個別転籍同意の取付けが現実的でない
- 取引先契約の継続性が事業価値の中核を占める
- 譲渡対価が小さく、個別承継の手続コストが割に合わない
10. まとめ：丁寧なシミュレーションが手取りを最大化する
株式譲渡と事業譲渡は、法律上は「別物」のスキームです。中小M&Aの約9割が株式譲渡を選んでいるという業界統計（中小企業基盤整備機構 事業承継・引継ぎ支援センター累積実績、レコフデータ等の業界調査）は、その合理性を示している面もありますが、同時に事業譲渡という選択肢を十分検討せずに株式譲渡に進んでいる案件も含まれています。
本記事で扱った7つの実務論点（負債・消費税・表明保証・雇用・許認可・税制改正・仲介スタンス）を踏まえ、ご自身の会社の状況に応じた最適なスキームを、信頼できる専門家と丁寧にシミュレーションすることが、譲渡対価の手取りを最大化する第一歩です。
弊社（株式会社 日本財務戦略センター、中小企業庁登録M&A支援機関）でも、両スキームの比較検討から実行までを一貫してサポートしています。具体的なご相談は、お問い合わせフォームまたは10分診断からお気軽にどうぞ。
FAQ：よくあるご質問
執筆者・出典・免責事項
著者・監修者情報
五十嵐 悠一
日本財務戦略センター（JFSC） 代表取締役
京都大学経済学部卒業後、大手損害保険会社、東証プライム上場のM&A仲介会社を経て、日本財務戦略センターを設立。中小企業庁が定める「M&A支援機関」に登録。年間100件以上の経営相談に応じ、特に財務的に困難な状況にある企業の事業再生型M&Aや事業承継に豊富な実績を持つ。現場主義を貫き、オーナー経営者に寄り添った財務戦略の立案・実行を信条とする。
免責事項
本記事は一般的な情報提供を目的としており、2026年4月時点の法令・情報に基づき作成されています。個別の税務・法務に関する判断や具体的な案件の検討にあたっては、必ず弁護士・税理士・公認会計士等の専門家にご確認ください。
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免責事項
本記事は一般的な情報提供を目的としており、特定の案件における法務・税務・会計判断を提供するものではありません。個別案件のご相談は、弁護士・税理士・公認会計士等の専門家にご確認ください。記載内容は公開時点の情報に基づきます。
最終更新日: 2026-04-21
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執筆者
五十嵐 悠一（いがらし ゆういち）
株式会社日本財務戦略センター 代表取締役
京都大学経済学部経営学科卒業。株式会社損害保険ジャパン本店営業部、東証上場M&A仲介会社を経て、2020年5月に日本財務戦略センターを設立。中小企業のM&A仲介・事業承継支援を専門とし、医療・介護・食品製造・流通卸・機械製造分野の成約実績を持つ。
資格：プロフェッショナルCFO（日本CFO協会）／M&Aエキスパート（金融業務2級 事業承継・M&Aコース）
公的登録：中小企業庁 M&A支援機関 登録事業者／一般社団法人 M&A支援機関協会 正会員
メディア登壇：株式会社サイゾー Business Journal ウェブセミナー講師「【売り手向け】M＆Aを成功させるための具体的な行動・プロセス・知識」（2022年6月）［公式告知］
専門家コラム寄稿：BATONZ（国内最大級M&A プラットフォーム）に M&A・事業承継 74本（2021年〜継続）［コラム一覧］
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よくあるご質問（FAQ）
📅 本記事の情報基準日
本記事は 2026年4月25日 公開時点の情報に基づきます。税制・法令等は改正される場合があるため、最新の制度・税制は公的機関の公式情報をご確認ください。
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