会社分割とは何か — M&Aの文脈で押さえるべき基本
会社分割は、会社法第757条から第766条が定める組織再編行為で、分割会社が営む事業に関する権利義務の全部または一部を、承継会社（吸収分割の場合）または新設会社（新設分割の場合）に包括的に承継させる仕組みです。事業譲渡が個別の資産・契約ごとに移転手続を要するのに対し、会社分割は分割計画書または分割契約書で定めた範囲を一括で移転できるため、許認可・雇用契約・取引契約の承継コストを大幅に圧縮できます。
ただし、中小M&Aの実務では「会社分割は大企業の組織再編で使うもの」というイメージが強く、実際には事業譲渡や株式譲渡で処理されるケースが大半です。これは、会社分割が会社法上の厳格な手続（株主総会特別決議、債権者保護手続、労働者保護手続）を要するためで、中小企業の体力で全プロセスを完走するには弁護士・税理士の継続的関与が前提となります。本稿では、人的分割・物的分割・新設分割・吸収分割の4類型を中小実務の視点で整理し、どのシナリオで会社分割が選択肢として浮上するかを解説します。なお、本記事はM&A仲介・FAとしての一般的な解説であり、個別案件の税務・法務判断は必ず顧問税理士・弁護士にご相談ください。
会社分割の4類型はどう違うのか — 比較表で整理
会社分割は2つの軸で4類型に分類されます。第1の軸は「分割の方向」で、既存の会社に承継させるのが吸収分割、新たに設立する会社に承継させるのが新設分割です。第2の軸は「対価の交付先」で、対価（承継会社の株式等）を分割会社が受け取るのが物的分割（分社型分割）、分割会社の株主が直接受け取るのが人的分割（分割型分割）です。会社法上は2006年改正以降、人的分割は「物的分割＋剰余金配当」として整理されていますが、実務上は依然として4類型の区別が機能します。
4類型の比較
- 吸収分割×物的分割：既存の承継会社の株式を分割会社が取得。グループ内再編、子会社への事業集約で頻出。
- 吸収分割×人的分割：既存の承継会社の株式を分割会社の株主が直接取得。事業の一部を別グループに移すスピンオフ的活用。
- 新設分割×物的分割：新設会社の株式を分割会社が取得。持株会社化、不採算事業の切り出しで多用される中小実務の主役。
- 新設分割×人的分割：新設会社の株式を分割会社の株主が取得。共同事業のパートナー間で事業を分けるケースなど。
中小M&Aで圧倒的に多いのは「新設分割×物的分割」で、これは持株会社化や不採算事業の切り出しといった売り手側のプレディール（事前再編）で活用されます。買い手と直接やり取りする本ディール段階では、分割後の対象会社株式を株式譲渡する2段階スキームが定石です。株式譲渡と事業譲渡の比較と合わせて、会社分割を「中間スキーム」として位置付けると理解しやすくなります。
適格組織再編税制の5要件は中小で実用的か
会社分割で発生する移転資産の評価は、原則として時価で行われ、含み益があれば法人税が課税されます。しかし、法人税法第2条第12号の8および第12号の11が定める適格要件を満たせば、簿価による移転が認められ、課税の繰延が可能になります。中小M&Aの実務では、この適格判定の難易度が会社分割スキーム選択のボトルネックになります。
適格分割の判定軸
適格分割の判定は、(1)企業グループ内の分割（100%支配関係・50%超支配関係）か、(2)共同事業を営むための分割か、で大きく2系統に分かれます。中小実務で問題になるのは後者の共同事業要件で、概ね以下の5要件を満たす必要があります。
- 事業関連性要件：分割事業と承継会社の被分割事業に相互関連があること。
- 事業規模要件または特定役員引継要件：売上・従業員数・資本金のいずれかが概ね5倍以内、または特定役員が承継会社で経営に参画すること。
- 従業者引継要件：分割事業に従事していた従業者の概ね80%以上が承継会社の業務に従事すること。
- 事業継続要件：承継した事業を承継会社で継続すること。
- 株式継続保有要件：分割会社（人的分割の場合は分割会社の支配株主）が承継会社株式を継続保有すること。
中小M&Aで会社分割を行い、その後に承継会社株式を第三者に売却する場合、株式継続保有要件が崩れて非適格分割となり、含み益課税が発生するリスクがあります。「分割→株式譲渡」の2段階スキームを設計する際は、必ず顧問税理士による税務シミュレーションを行い、含み益課税の有無、繰越欠損金の引継制限、特定資産譲渡等損失の損金算入制限まで一気通貫で確認してください。組織再編税制は実務裁量が極めて狭く、税理士・公認会計士の関与が事実上必須の領域です。
不採算事業の切り出しで会社分割を使うべきか — 第二会社方式との比較
中小M&Aの売り手準備（プレディール）で頻出するのが、不採算事業の切り出しです。買い手は黒字の本業のみを取得したいので、赤字事業や非中核事業を分割会社に残し、本業を承継会社に移して、承継会社株式を譲渡するという設計になります。この場面で検討される代表的な手法が、(1)新設分割（物的分割）と(2)第二会社方式です。
新設分割と第二会社方式の使い分け
新設分割は、分割計画書で承継対象を明確に定義することで包括承継できる強みがあります。一方、債権者保護手続として官報公告と各別催告が必要で、債権者から異議が出ると弁済または相当の担保提供が求められます（会社法789条・810条）。簿価超過債務の処理が論点となる窮境企業では、債権者保護手続のハードルが極めて高く、合意形成に時間を要します。
これに対し第二会社方式は、新会社を設立し事業譲渡で本業を移し、旧会社を特別清算または破産で処理する手法です。中小企業活性化協議会のスキームとして整備されており、債権者の理解を得やすい一方、許認可の再取得や個別契約の同意取得が必要となるデメリットがあります。どちらが適切かは、債権者構成・許認可の有無・従業員数・想定スケジュールで変わるため、当社のようなM&A仲介・FAと弁護士・税理士のチームで初期段階から方針を固めることが肝要です。
持株会社化のスキームで会社分割をどう活用するか
事業承継の出口戦略として、持株会社化（ホールディングス化）は近年中小企業でも増えています。代表的な手法は(1)株式移転、(2)株式交換、(3)抜け殻方式（新設分割）の3つです。会社分割を用いる抜け殻方式は、既存会社が持株会社になり、新設会社が事業会社になる構造で、株主構成を維持したまま事業と資産を切り分けられます。
持株会社化のメリットは、(1)後継者への株式承継時に持株会社株式の評価額を下げやすいこと、(2)複数事業を別会社に分けることで事業ごとのM&Aが行いやすいこと、(3)役員報酬の最適配分が可能になること、などが挙げられます。一方デメリットとして、設立コスト・運営コスト、グループ間取引の移転価格管理、税務上の繰越欠損金の取扱いの厳格化があります。事業承継スキーム全般の設計の中で、持株会社化を選ぶ合理性があるかを慎重に検討してください。なお株価評価への影響は、純資産価額方式・類似業種比準方式・配当還元方式のいずれを使うかで大きく変わるため、税理士による複数年シミュレーションが不可欠です。
株主総会決議と債権者保護手続はどう進めるか
会社分割を実行するには、(1)分割計画書または分割契約書の作成、(2)事前開示書類の本店備置、(3)株主総会特別決議、(4)債権者保護手続、(5)労働者保護手続（労働契約承継法）、(6)登記、(7)事後開示書類の本店備置、という一連の手続が必要です。それぞれ会社法と関連法令で詳細な期間と方式が定められています。
株主総会特別決議の準備
会社分割は組織再編行為なので、原則として分割会社・承継会社の双方で株主総会特別決議（議決権の3分の2以上の賛成）が必要です（会社法783条・795条・804条）。中小企業ではオーナーが株式を集中保有しているケースが多く、決議自体は形式的に通過しますが、少数株主がいる場合は事前の説明と理解醸成が極めて重要です。少数株主には株式買取請求権（会社法785条等）が認められており、価格交渉が決裂すると裁判所への価格決定申立てに発展する可能性があります。
債権者保護手続の実務
債権者保護手続は、(1)官報公告、(2)知れたる債権者への各別催告、(3)異議申述期間（1か月以上）の確保、(4)異議があった場合の弁済または担保提供、で構成されます。実務上の落とし穴は、各別催告を漏らした債権者は分割の効力を当該債権者に主張できなくなる点です。買掛先・借入先・賃貸人・リース会社・税務当局など、催告すべき債権者を網羅的に洗い出し、債権者リストを弁護士のレビューに通すプロセスが必須です。デューデリジェンス段階で買い手側がこの債権者リストを精査することも多く、抜け漏れは表明保証違反リスクに直結します。
会社分割の失敗事例 — どんなリスクが顕在化するか
会社分割スキームで実際に問題化した類型を、公開されている裁判例・行政発表ベースで整理します。個別の事案を特定する記述は避け、構造的なリスクのみ抽出します。
債権者異議による計画遅延
債権者保護手続で大口債権者から異議が出されると、弁済または担保提供のための資金調達が必要となり、想定スケジュールが大きくずれ込みます。特に金融機関借入のある中小企業では、メインバンクへの事前根回しが不十分なまま手続を開始すると、メインバンクから融資の引き上げや条件見直しを求められるリスクがあります。会社分割を検討する初期段階で、メインバンクに方針を共有し理解を得ることが実務の鉄則です。
株主代表訴訟と取締役の善管注意義務
会社分割の対価が時価から乖離していた場合、取締役の善管注意義務違反として株主代表訴訟が提起されるリスクがあります。特に支配株主と分割会社の間で利益相反が疑われるケース（オーナー個人の他社に有利な条件で分割するなど）では、第三者である公認会計士・税理士による株価評価書の取得、独立社外取締役の意見聴取、議事録への合理性の記録など、手続的な防御策が重要です。
労働契約承継法の手続違反
分割対象事業に従事する従業員について、労働契約承継法に基づく書面通知・協議・5条協議が必要です。これを怠ると、分割無効の訴え（会社法828条）の対象になりかねません。最高裁判例（日本IBM事件、平成22年7月12日）でも、5条協議が著しく不十分な場合の労働者保護が明示されており、人事労務コンサルタントの関与が事実上必要です。
弁護士・税理士はどの段階で関与すべきか
会社分割は、会社法・労働契約承継法・法人税法・所得税法・登録免許税法・地方税法・独占禁止法（一定規模以上）が複合的に関わる、中小M&Aで最も法律密度の高い手法の一つです。当社のM&A仲介・FAとしての経験から申し上げると、会社分割を選択肢として検討する段階で、弁護士・税理士・公認会計士の各専門家にご相談いただくことを強くお勧めします。
具体的には、(1)初期検討段階で税理士による税務シミュレーション、(2)スキーム確定段階で弁護士による会社法・労働法レビュー、(3)実行段階で司法書士による登記準備、(4)実行後で税理士による申告対応、と段階ごとに専門家のチームでバトンを渡す運用が定着しています。中小企業庁が公表する中小M&Aガイドラインでも、組織再編を伴うM&Aでは早期からの専門家関与が推奨されています。
株式会社日本財務戦略センター（代表取締役 五十嵐悠一）は、中小M&A・事業承継の支援機関として、弁護士・税理士・公認会計士のネットワークを活用した会社分割スキームの設計・実行支援を行っています。「事業の一部だけ売りたい」「不採算事業を整理してから本業を譲渡したい」「持株会社化で次世代承継を整えたい」といったご相談は、初期段階から税務・法務のチーム体制で対応する案件として、お気軽にお問い合わせください。最終的な税務判断・法的判断は、必ず顧問税理士・弁護士にご相談いただくことを前提に、戦略立案と実行支援をご提供いたします。
会社分割を検討する売り手のチェックリスト
会社分割スキームを売り手側で検討する際、初期段階で必ず点検すべき論点を実務観点で整理します。中小M&Aの現場で「事前に確認しておけばよかった」と後悔しがちなポイントです。
- 許認可の承継可否：建設業許可・宅地建物取引業免許・運送業許可・産廃処理業許可など、業種により会社分割で承継可能な許認可と、承継不可で再取得が必要な許認可が分かれます。所管官庁への事前照会が必須です。
- 金融機関の借入承継：会社分割でも、金融機関との金銭消費貸借契約は債権者保護手続の対象です。メインバンクへの早期共有と、承継条件・担保・保証の再構築方針の合意が、スケジュール遵守の鍵を握ります。
- 不動産・賃借権・知財の扱い：分割計画書での記述が抜けると承継対象から漏れます。賃貸借契約の貸主同意要否、特許・商標の名義変更登録、ライセンス契約の譲渡禁止条項など、棚卸が必要です。
- 従業員の事前説明：労働契約承継法に基づく書面通知・5条協議・7条措置を、想定スケジュールから逆算して計画します。集団的労使関係（労働組合）がある企業では、特に丁寧な対応が求められます。
- 税務・財務の事前シミュレーション：適格判定、繰越欠損金の引継、消費税の取扱（事業譲渡と異なり包括承継のため原則不課税）、登録免許税・不動産取得税の軽減措置の適用可否を、顧問税理士と並走で確認します。
これらの論点はいずれも、会社分割の効力発生日の数か月前から準備が必要なものです。「とりあえず会社分割で」と話が進む前に、専門家チームを巻き込んで実行可能性を見立てる初期検討フェーズを必ず入れることをお勧めします。M&Aプロセス全体の流れの中で、プレディール再編としての会社分割をどう位置付けるかが、最終的なディール成立確度を左右します。
よくあるご質問
会社分割と事業譲渡では、どちらを選択すべきですか？
判断軸は、(1)許認可・契約の包括承継ニーズ、(2)税務影響、(3)債権者保護手続を完走できる体力の3点です。多数の契約を一括移転したいなら会社分割、対象を厳選したいなら事業譲渡が原則。最適解は案件ごとに変わるため、顧問税理士・弁護士のチームでご検討ください。
新設分割と吸収分割は何が違うのですか？
新設分割は分割と同時に新会社を設立して事業を承継させる手法、吸収分割は既存の会社に承継させる手法です。中小M&Aでは持株会社化や不採算事業切り出しで新設分割、グループ内再編で吸収分割が選ばれます。新設分割は新会社の登記・許認可再取得の論点が加わる点に注意が必要です。
適格組織再編にならないと、どのような税負担が発生しますか？
非適格分割では、移転資産が時価評価され、含み益に対し法人税・地方法人税・事業税・住民税が課税されます。さらに繰越欠損金の引継制限などのペナルティ的扱いも発生し得ます。数千万円規模の追加納税が想定されるため、必ず顧問税理士による事前シミュレーションを実施してください。
執筆者
五十嵐 悠一（いがらし ゆういち）
株式会社日本財務戦略センター 代表取締役
京都大学経済学部経営学科卒業。株式会社損害保険ジャパン本店営業部、東証上場M&A仲介会社を経て、2020年5月に日本財務戦略センターを設立。中小企業のM&A仲介・事業承継支援を専門とし、医療・介護・食品製造・流通卸・機械製造分野の成約実績を持つ。
資格：プロフェッショナルCFO（日本CFO協会）／M&Aエキスパート（金融業務2級 事業承継・M&Aコース）
公的登録：中小企業庁 M&A支援機関 登録事業者／一般社団法人 M&A支援機関協会 正会員
メディア登壇：株式会社サイゾー Business Journal ウェブセミナー講師「【売り手向け】M＆Aを成功させるための具体的な行動・プロセス・知識」（2022年6月）［公式告知］
専門家コラム寄稿：BATONZ（国内最大級M&A プラットフォーム）に M&A・事業承継 74本（2021年〜継続）［コラム一覧］
免責事項
本記事は一般的な情報提供を目的としており、特定の案件における法務・税務・会計判断を提供するものではありません。法務・税務・会計の個別判断は、弁護士・税理士・公認会計士等の専門家にご相談ください。M&Aのスキーム設計・タイミング・買い手探し等のアドバイザリーは、株式会社日本財務戦略センターにご相談ください。記載内容は公開時点の情報に基づき、法令改正や市場変動により最新の状況と異なる場合があります。
よくあるご質問（FAQ）
📅 本記事の情報基準日
本記事は 2026年4月28日 公開時点の情報に基づきます。税制・法令等は改正される場合があるため、最新の制度・税制は公的機関の公式情報をご確認ください。
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