三重県で個人開業医・歯科医院の
M&A・事業譲渡を
ご検討の先生方へ

個人開設の診療所では法人格が存在しないため、株式譲渡は構造上ありえません。承継スキームは 事業譲渡の一択となり、医療機器・什器・カルテ・賃貸借契約・リース契約・スタッフ雇用を一つひとつ個別承継します。保険医療機関の指定（健康保険法 65 条）は開設者個人に対する行政処分であり、譲渡では旧開設者の指定が失効し、新開設者が新規申請を行います。買い手 DD では、個別資産・契約の引継ぎ可否と新規許認可の取得段取りが中核論点となります。

開設者変更により保険医療機関コードは新規付番となります。これに伴い、レセプト処理（社保・国保・後期高齢）の切替、電子カルテ・レセコンの設定変更、処方箋様式の差替、施設基準届出の再提出、自立支援医療・生活保護指定・労災・自賠責の再申請が連鎖的に発生します。地方厚生局への 事前相談（承継予定日の 2〜3 か月前）を行い、廃止届と新規申請を同日付で提出することで、患者の継続診療を確保する 「遡及指定」の取扱いを受けられる場合があります。保険診療の空白期間を避ける設計が買い手 DD の最重要論点。

個人開設のまま事業譲渡を選ぶか、承継前に医療法人化（社団／持分なし基金拠出型）してから理事長交代・役員譲渡で承継するかは、所得規模・承継希望時期・買い手意向で判断します。医療法人設立認可は都道府県知事の認可制で 6 か月〜1 年程度を要し、承継急ぎ案件では個人事業のまま事業譲渡を選ぶケースが大半。なお 2007 年医療法改正以降の新設医療法人は 持分なしのため、出口で対価が顕在化しにくい設計となる点も判断材料です。最終的な税務・法務判断は税理士・弁護士・公認会計士にご確認ください。

個人開業医の多くは、医療行為以外の不動産保有・医療機器リース・診療材料仕入・受付/事務スタッフ雇用を MS 法人（株式会社・合同会社）に分離する形で運営しています。事業譲渡時には、MS 法人との取引契約（賃貸借・リース・業務委託）の解消条件、MS 法人保有資産の譲渡対象範囲、MS 法人籍のスタッフの個別同意取得が論点。買い手側が MS 法人ごと譲り受ける（株式譲渡）か、医療資産のみ事業譲渡かでスキーム設計が大きく変わります。買い手 DD では、MS 法人と先生個人・家族との取引価格の妥当性（移転価格・寄付金課税リスク）が精査されます。

保険医登録は医師個人に対する登録であり、買い手医師が自身の保険医登録を保有していることが大前提（健康保険法 64 条）。診療所開設時に申請した 診療科目（内科・整形外科・皮膚科等）ごとに医師配置基準があり、買い手医師が当該科目の診療実績・専門医資格を満たすことを契約上で保証する必要があります。診療録（カルテ）の 5 年間保存義務（医師法 24 条 2 項）は新開設者に承継、紙カルテ・電子カルテのデータ移行設計と、患者への院長交代の通知・情報提供停止希望者への対応（個人情報保護法 27 条 5 項 2 号に基づく実務運用）が必須。

① 保険医療機関の指定は開設者個人への帰属（株式譲渡という選択肢が存在しない）

個人開設の診療所では法人格が存在しないため、株式譲渡は構造上ありえません。承継スキームは 事業譲渡の一択となり、医療機器・什器・カルテ・賃貸借契約・リース契約・スタッフ雇用を一つひとつ個別承継します。保険医療機関の指定（健康保険法 65 条）は開設者個人に対する行政処分であり、譲渡では旧開設者の指定が失効し、新開設者が新規申請を行います。買い手 DD では、個別資産・契約の引継ぎ可否と新規許認可の取得段取りが中核論点となります。

② 保険医療機関コードの新規付番と「遡及指定」の事前相談

開設者変更により保険医療機関コードは新規付番となります。これに伴い、レセプト処理（社保・国保・後期高齢）の切替、電子カルテ・レセコンの設定変更、処方箋様式の差替、施設基準届出の再提出、自立支援医療・生活保護指定・労災・自賠責の再申請が連鎖的に発生します。地方厚生局への 事前相談（承継予定日の 2〜3 か月前）を行い、廃止届と新規申請を同日付で提出することで、患者の継続診療を確保する 「遡及指定」の取扱いを受けられる場合があります。保険診療の空白期間を避ける設計が買い手 DD の最重要論点。

③ 個人事業 vs 医療法人化のスキーム選択（M&A 直前の駆け込み法人化は不適）

個人開設のまま事業譲渡を選ぶか、承継前に医療法人化（社団／持分なし基金拠出型）してから理事長交代・役員譲渡で承継するかは、所得規模・承継希望時期・買い手意向で判断します。医療法人設立認可は都道府県知事の認可制で 6 か月〜1 年程度を要し、承継急ぎ案件では個人事業のまま事業譲渡を選ぶケースが大半。なお 2007 年医療法改正以降の新設医療法人は 持分なしのため、出口で対価が顕在化しにくい設計となる点も判断材料です。最終的な税務・法務判断は税理士・弁護士・公認会計士にご確認ください。

④ MS 法人（メディカルサービス法人）連携の解消・再構築

個人開業医の多くは、医療行為以外の不動産保有・医療機器リース・診療材料仕入・受付/事務スタッフ雇用を MS 法人（株式会社・合同会社）に分離する形で運営しています。事業譲渡時には、MS 法人との取引契約（賃貸借・リース・業務委託）の解消条件、MS 法人保有資産の譲渡対象範囲、MS 法人籍のスタッフの個別同意取得が論点。買い手側が MS 法人ごと譲り受ける（株式譲渡）か、医療資産のみ事業譲渡かでスキーム設計が大きく変わります。買い手 DD では、MS 法人と先生個人・家族との取引価格の妥当性（移転価格・寄付金課税リスク）が精査されます。

⑤ 保険医個別登録・診療科目別の医師配置基準・カルテ 5 年保存義務の引継ぎ

保険医登録は医師個人に対する登録であり、買い手医師が自身の保険医登録を保有していることが大前提（健康保険法 64 条）。診療所開設時に申請した 診療科目（内科・整形外科・皮膚科等）ごとに医師配置基準があり、買い手医師が当該科目の診療実績・専門医資格を満たすことを契約上で保証する必要があります。診療録（カルテ）の 5 年間保存義務（医師法 24 条 2 項）は新開設者に承継、紙カルテ・電子カルテのデータ移行設計と、患者への院長交代の通知・情報提供停止希望者への対応（個人情報保護法 27 条 5 項 2 号に基づく実務運用）が必須。

⑥ 三重県の個人クリニック・歯科医院 地域特性（集積中）

三重県は近畿エリアの集積地で個人クリニック集積「中」カテゴリ。四日市・津・鈴鹿の地場医療法人グループ。四日市コンビナート・鈴鹿（ホンダ）健保連携クリニック。主要集積エリアは 四日市・津・鈴鹿・桑名・松阪。四日市コンビナートの産業医連携クリニックと県南部（伊勢・松阪）の地方承継ニーズの混在。 三重県の個人クリニック M&A では、地場医療法人の多院化・大学医学部同窓ネットワーク経由の承継・近隣同診療科開業医による多店舗化が中心論点。事業譲渡スキームでの保険医療機関コード再付番、カルテ 5 年保存・MS 法人連携の整理を段取り設計します。

個人開業のクリニックでも、第三者承継（M&A）は可能か？

可能です。一般診療所の約半数、歯科診療所では 76.1% が個人経営（厚労省 医療施設動態調査）であり、近年こうした個人開設の医院に対する第三者承継が急速に増えています。スキームは 「事業譲渡」が原則で、医療機器・什器備品・カルテ・賃貸借契約・スタッフ雇用などを個別に承継します。保険医療機関の指定・診療所開設許可・保険医療機関コードは新規取得が原則ですが、患者継続診療を条件に 遡及指定が認められる場合があります（厚生局への事前相談必須）。

保険医療機関コードは引き継げるか？

原則として、開設者が変わると 保険医療機関コードは変更となります。健康保険法 65 条に基づき、保険医療機関の指定は開設者個人に対するものであり、開設者の変更により指定は失効するためです。患者の継続診療を確保する目的で、廃止と新規開設の届出を同日付で行い、厚生局に事前相談のうえ 「遡及指定」の取扱いを受けられることがあります。コード変更に伴うレセプト処理・電子カルテ設定・処方箋様式・施設基準届出の整理が連鎖的に発生するため、厚生局・保健所への対応も一体で設計します。

患者カルテは新院長に引き継げるか？

事業譲渡に伴うカルテの引継については、医療承継の慣行として、患者の個別同意なしに引き継げるとの実務運用が一般的です。個人情報保護法 27 条 5 項 2 号により、事業承継に伴う個人データの提供は第三者提供に該当しないと解釈される場合があります。ただし、患者への通知（院長交代の掲示・案内文の送付等）と、希望者への情報提供停止の機会付与が望ましい運用とされています。診療録の 5 年間保存義務（医師法 24 条 2 項）は新開設者に承継されます。

歯科医院も同じスキームで承継できるか？

歯科診療所は 2023 年時点で全国 67,899 施設、うち 約 76.1% が個人経営、代表者の 58.6% が 60 歳以上です（厚労省 医療施設調査・歯科医師統計）。歯科の後継者不在率は約 9 割と推計され、第三者承継の必要性が極めて高い領域です。スキームは医科クリニックと同様に事業譲渡が中心で、歯科ユニット・口腔内スキャナ・レントゲン等の医療機器、リコール患者リスト、衛生士・歯科助手の雇用継続、自費治療の保証期間内再治療義務（インプラント 10 年保証等）を設計します。

閉院（廃業）と M&A は、どちらが得か？

ケースバイケースですが、閉院は通常コストが発生する側です。原状回復（医療用配管・X 線室の鉛壁撤去等）、医療機器の廃棄処分、スタッフ退職金、リース解約金、産業廃棄物処理等で 数百万円〜一千万円規模の支出となる場合があります。第三者承継が成立した場合は、医療機器・内装・患者基盤・スタッフ等が「営業権」として評価され、対価が得られる可能性があります。立地・診療科・患者数・収益性により評価は大きく変動。最終的な税務処理は顧問税理士にご確認ください。

M&A の前に医療法人化したほうがよいか？

医療法人化のメリットは、出資持分譲渡（持分あり医療法人の経過措置型）または役員交代（持分なし医療法人）というスキームが選択可能となり、株式 M&A に近い形で承継できる点です。一方、医療法人設立認可は都道府県知事の認可制で 6 か月〜1 年程度を要し、承継時期を急ぐ場合は 個人事業のまま事業譲渡を選択するケースが多いのが実態です。なお 2007 年医療法改正以降の新設医療法人は持分なし（基金拠出型）のため、出口で対価が顕在化しにくい構造である点も判断材料。最終的な判断は顧問税理士・弁護士、および当社にご相談ください。

MS 法人と先生個人の取引は、M&A にどう影響するか？

不動産・医療機器・診療材料を保有する MS 法人（メディカルサービス法人）がある場合、医療資産のみ事業譲渡するか MS 法人ごと譲渡するかのスキーム選択が必要です。MS 法人と先生個人・家族との取引価格の妥当性（市場価格との乖離・移転価格・寄付金課税リスク）は買い手 DD で必ず精査されるため、過去 5 年の契約書・取引価格根拠資料を整備して事前に開示することが重要です。MS 法人籍のスタッフがいる場合は、その雇用承継・退職金引継ぎも同時設計します。

個人クリニック M&A の買い手はどう見つかるのか？

個人クリニックの買い手候補は、①若手の独立志望医師・歯科医師（勤務医からの開業意向層）、②地域の医療法人（多院化進行）、③ヘルスケアファンド系の医療法人グループ（CADI・SBC メディカル・JMC 等）、④メディカル・ケア・サービス系大手の隣接領域参入、⑤在宅医療・訪問診療を主軸とする多院展開グループ、⑥同診療科の地場開業医による多店舗化、⑦歯科チェーン展開グループ、と多様化しています。当社では案件ごとに最適な買い手を選定します。

三重県の個人クリニック・歯科医院 買い手の傾向は？

三重県（推定 一般診療所 約 1,700・歯科診療所 約 1,300・集積中）における個人クリニック M&A の買い手候補は、四日市・津・鈴鹿の地場医療法人グループ。四日市コンビナート・鈴鹿（ホンダ）健保連携クリニック。①若手の独立志望医師・歯科医師（勤務医からの開業意向層）、②近畿エリア内の地域医療法人（多院化を進める社団医療法人）、③ヘルスケアファンド系の医療法人グループ（CADI 医療法人グループ・SBC メディカルグループ・JMC 等）、④メディカル・ケア・サービス系大手の隣接領域参入、⑤在宅医療・訪問診療を主軸とする多院展開グループ、⑥同診療科の地場開業医による多店舗化（内視鏡・透析・健診・不妊治療等の設備依存型）、⑦歯科チェーン展開グループ（矯正・インプラント・小児歯科特化）、⑧美容・自由診療系の大手クリニックグループ（湘南美容クリニック 等）、と幅広く存在します。当社では個別案件ごとに最適な買い手を選定します。

三重県内での個人クリニック・歯科医院 M&A 固有論点は？

三重県（主要エリア：四日市・津・鈴鹿・桑名・松阪）の個人クリニック M&A では、①事業譲渡スキーム一択（株式譲渡は構造上不可）、②保険医療機関コード新規付番と遡及指定の地方厚生局事前相談（承継予定日 2〜3 か月前）、③近畿エリア全域の同業多院化動向と買い手競合状況、④地域の主たる診療科ニーズ（内科・整形外科・小児科・歯科・皮膚科等）と買い手医師の専門医資格との整合、⑤MS 法人保有資産（不動産・医療機器）の取扱いと取引価格の妥当性、⑥看護師・歯科衛生士・受付スタッフの労働市場と個別同意取得、を地域固有論点として整理する必要があります。四日市コンビナートの産業医連携クリニックと県南部（伊勢・松阪）の地方承継ニーズの混在。

監修・執筆

五十嵐 悠一（株式会社日本財務戦略センター 代表取締役）
損害保険ジャパン本店営業部（企業リスク・法務）→ 東証上場M&A仲介会社で多数の成約 → 2020年 日本財務戦略センター 創業
→ 代表挨拶・経歴詳細

登録・所属

中小企業庁 M&A 支援機関登録事業者 ／ 一般社団法人 M&A 支援機関協会 正会員 ／ 中小 M&A ガイドライン第 3 版 遵守宣言済

公開・更新

公開日：2026 年 4 月 24 日 ／ 最終更新：2026 年 4 月 24 日

免責事項

本ページに記載する統計データは、各一次ソースの公開時点の数値を引用しており、最新値と差異が生じる可能性があります。 本ページは一般的な情報提供を目的としています。個別具体的な税務・法務・労務のご判断は、必ず顧問税理士・公認会計士・弁護士・社会保険労務士等の専門家にご確認ください。