関東エリア（7 都県＋横浜・川崎・相模原）でクリニック・歯科医院の
M&A・事業譲渡を
ご検討の先生方へ

個人開設の診療所では法人格が存在しないため、株式譲渡は構造上ありえません。承継スキームは 事業譲渡の一択となり、医療機器・什器・カルテ・賃貸借契約・リース契約・スタッフ雇用を一つひとつ個別承継します。保険医療機関の指定（健康保険法 65 条）は開設者個人に対する行政処分であり、譲渡では旧開設者の指定が失効し、新開設者が新規申請を行います。買い手 DD では、個別資産・契約の引継ぎ可否と新規許認可の取得段取りが中核論点となります。

開設者変更により保険医療機関コードは新規付番となります。これに伴い、レセプト処理（社保・国保・後期高齢）の切替、電子カルテ・レセコンの設定変更、処方箋様式の差替、施設基準届出の再提出、自立支援医療・生活保護指定・労災・自賠責の再申請が連鎖的に発生します。地方厚生局への 事前相談（承継予定日の 2〜3 か月前）を行い、廃止届と新規申請を同日付で提出することで、患者の継続診療を確保する 「遡及指定」の取扱いを受けられる場合があります。保険診療の空白期間を避ける設計が買い手 DD の最重要論点。

個人開設のまま事業譲渡を選ぶか、承継前に医療法人化（社団／持分なし基金拠出型）してから理事長交代・役員譲渡で承継するかは、所得規模・承継希望時期・買い手意向で判断します。医療法人設立認可は都道府県知事の認可制で 6 か月〜1 年程度を要し、承継急ぎ案件では個人事業のまま事業譲渡を選ぶケースが大半。なお 2007 年医療法改正以降の新設医療法人は 持分なしのため、出口で対価が顕在化しにくい設計となる点も判断材料です。最終的な税務・法務判断は税理士・弁護士・公認会計士にご確認ください。

個人開業医の多くは、医療行為以外の不動産保有・医療機器リース・診療材料仕入・受付/事務スタッフ雇用を MS 法人（株式会社・合同会社）に分離する形で運営しています。事業譲渡時には、MS 法人との取引契約（賃貸借・リース・業務委託）の解消条件、MS 法人保有資産の譲渡対象範囲、MS 法人籍のスタッフの個別同意取得が論点。買い手側が MS 法人ごと譲り受ける（株式譲渡）か、医療資産のみ事業譲渡かでスキーム設計が大きく変わります。買い手 DD では、MS 法人と先生個人・家族との取引価格の妥当性（移転価格・寄付金課税リスク）が精査されます。

保険医登録は医師個人に対する登録であり、買い手医師が自身の保険医登録を保有していることが大前提（健康保険法 64 条）。診療所開設時に申請した 診療科目（内科・整形外科・皮膚科等）ごとに医師配置基準があり、買い手医師が当該科目の診療実績・専門医資格を満たすことを契約上で保証する必要があります。診療録（カルテ）の 5 年間保存義務（医師法 24 条 2 項）は新開設者に承継、紙カルテ・電子カルテのデータ移行設計と、患者への院長交代の通知・情報提供停止希望者への対応（個人情報保護法 27 条 5 項 2 号に基づく実務運用）が必須。

① 保険医療機関の指定は開設者個人への帰属（株式譲渡という選択肢が存在しない）

個人開設の診療所では法人格が存在しないため、株式譲渡は構造上ありえません。承継スキームは 事業譲渡の一択となり、医療機器・什器・カルテ・賃貸借契約・リース契約・スタッフ雇用を一つひとつ個別承継します。保険医療機関の指定（健康保険法 65 条）は開設者個人に対する行政処分であり、譲渡では旧開設者の指定が失効し、新開設者が新規申請を行います。買い手 DD では、個別資産・契約の引継ぎ可否と新規許認可の取得段取りが中核論点となります。

② 保険医療機関コードの新規付番と「遡及指定」の事前相談

開設者変更により保険医療機関コードは新規付番となります。これに伴い、レセプト処理（社保・国保・後期高齢）の切替、電子カルテ・レセコンの設定変更、処方箋様式の差替、施設基準届出の再提出、自立支援医療・生活保護指定・労災・自賠責の再申請が連鎖的に発生します。地方厚生局への 事前相談（承継予定日の 2〜3 か月前）を行い、廃止届と新規申請を同日付で提出することで、患者の継続診療を確保する 「遡及指定」の取扱いを受けられる場合があります。保険診療の空白期間を避ける設計が買い手 DD の最重要論点。

③ 個人事業 vs 医療法人化のスキーム選択（M&A 直前の駆け込み法人化は不適）

個人開設のまま事業譲渡を選ぶか、承継前に医療法人化（社団／持分なし基金拠出型）してから理事長交代・役員譲渡で承継するかは、所得規模・承継希望時期・買い手意向で判断します。医療法人設立認可は都道府県知事の認可制で 6 か月〜1 年程度を要し、承継急ぎ案件では個人事業のまま事業譲渡を選ぶケースが大半。なお 2007 年医療法改正以降の新設医療法人は 持分なしのため、出口で対価が顕在化しにくい設計となる点も判断材料です。最終的な税務・法務判断は税理士・弁護士・公認会計士にご確認ください。

④ MS 法人（メディカルサービス法人）連携の解消・再構築

個人開業医の多くは、医療行為以外の不動産保有・医療機器リース・診療材料仕入・受付/事務スタッフ雇用を MS 法人（株式会社・合同会社）に分離する形で運営しています。事業譲渡時には、MS 法人との取引契約（賃貸借・リース・業務委託）の解消条件、MS 法人保有資産の譲渡対象範囲、MS 法人籍のスタッフの個別同意取得が論点。買い手側が MS 法人ごと譲り受ける（株式譲渡）か、医療資産のみ事業譲渡かでスキーム設計が大きく変わります。買い手 DD では、MS 法人と先生個人・家族との取引価格の妥当性（移転価格・寄付金課税リスク）が精査されます。

⑤ 保険医個別登録・診療科目別の医師配置基準・カルテ 5 年保存義務の引継ぎ

保険医登録は医師個人に対する登録であり、買い手医師が自身の保険医登録を保有していることが大前提（健康保険法 64 条）。診療所開設時に申請した 診療科目（内科・整形外科・皮膚科等）ごとに医師配置基準があり、買い手医師が当該科目の診療実績・専門医資格を満たすことを契約上で保証する必要があります。診療録（カルテ）の 5 年間保存義務（医師法 24 条 2 項）は新開設者に承継、紙カルテ・電子カルテのデータ移行設計と、患者への院長交代の通知・情報提供停止希望者への対応（個人情報保護法 27 条 5 項 2 号に基づく実務運用）が必須。

⑥ 関東エリア 内の買い手プール構成

関東エリアにおける個人クリニック M&A の買い手は、①関東エリア内・隣接エリアの地域医療法人（多院化を進める社団医療法人）、②若手の独立志望医師・歯科医師（勤務医からの開業意向層）、③ヘルスケア系の医療経営支援グループ（SBC メディカルグループ等の上場・準上場企業）、④在宅医療・訪問診療を主軸とする多院展開グループ（ファストドクター等）、⑤歯科チェーン展開グループ・同診療科の地場開業医による多店舗化、⑥美容・自由診療系の大手クリニックグループ（湘南美容クリニック・TCB 東京中央美容外科 等）の進出、と多様化しています。地域別 LP では県別の固有買い手動向もご案内しています。

⑦ 関東エリア の医師偏在指標と承継需給バランス

関東エリア内の人口 10 万人対医師数は都道府県によって 177.8 人〜353.5 人と大きな開きがあり、医師偏在の影響は閉院判断・第三者承継判断にも直結します。医師密度が高い都市部では新規開業医による承継・地域医療法人の多院化が中心、医師密度が低い地方では在宅医療多院展開グループ・大学医学部地域枠卒業生承継ネットワークが現実的選択肢となります。地域別 LP では県別の医師数・後継者不在動向も整理しています。

関東エリア（7 都県＋横浜・川崎・相模原） 全エリアの個人クリニック M&A に対応していますか？

関東エリア（7 都県＋横浜・川崎・相模原） の各都道府県・政令指定都市に地域別 LP を整備し、全エリアで対応しています。対象エリア：茨城県・栃木県・群馬県・埼玉県・千葉県・東京都・神奈川県／横浜市・川崎市・相模原市。地域別の医師偏在・買い手企業の進出戦略は地域別ページをご覧ください。

関東エリア 内で個人クリニック M&A の固有論点はありますか？

関東エリア全域に共通する論点として、①地場医療法人グループの多院化動向、②若手医師の独立志望層と地域医療構想の整合、③在宅医療多院展開グループの進出、④歯科チェーン展開・自由診療系大手の参入、⑤医師密度の県内格差を踏まえた買い手選定があります。事業譲渡スキーム・保険医療機関コード新規付番・遡及指定・カルテ承継・MS 法人連携の整理は各県固有論点と一体で設計します。

監修・執筆

五十嵐 悠一（株式会社日本財務戦略センター 代表取締役）
損害保険ジャパン本店営業部（企業リスク・法務）→ 東証上場M&A仲介会社で多数の成約 → 2020年 日本財務戦略センター 創業
→ 代表挨拶・経歴詳細

登録・所属

中小企業庁 M&A 支援機関登録事業者 ／ 一般社団法人 M&A 支援機関協会 正会員 ／ 中小 M&A ガイドライン第 3 版 遵守宣言済

公開・更新

公開日：2026 年 4 月 24 日 ／ 最終更新：2026 年 4 月 24 日

免責事項

本ページに記載する統計データは、各一次ソースの公開時点の数値を引用しており、最新値と差異が生じる可能性があります。 本ページは一般的な情報提供を目的としています。個別具体的な税務・法務・労務のご判断は、必ず顧問税理士・公認会計士・弁護士・社会保険労務士等の専門家にご確認ください。